Høyeste organ ved instituttet er instituttstyret, som ledes av instituttlederen. Instituttlederen er også instituttets øverste faglige og administrative leder.
Instituttet er organisert i tre seksjoner samt en administrasjon.
Seksjon for galenisk farmasi og samfunnsfarmasi
Seksjon for farmakologi og farmasøytisk biovitenskap
Seksjon for farmasøytisk kjemi
Instituttadministrasjonen
Vår forskningsaktivitet er organisert i forskningsgrupper. Noen av gruppene er tverrfaglige og går på tvers av seksjoner og andre institutter på MN-fakultetet.
Daglig ledelse av instituttet ivaretas av instituttleder sammen med kontorsjef, seksjonslederne og utdanningslederen for farmasistudiene.