International Code of Nomenclature of Procaryotes (ICNP) gir vitenskapelige navn og regler for navnsetting (nomenklatur) av bakterietaksa.
Proteobacteria
I: Divisjonen Proteobacteria omfatter Gram-negative bakterier med stor variasjon i metabolisme: purpurfototrofe-, purpursvovel-, purpur ikkesvovel-, nitrifiserende bakterier, svoveloksiderende bakterier, jernoksiderende bakterier, hydrogenoksiderende bakterier, metanotrofe baktreier, metylotrofe bakterier, pseudomonader, eddiksyrebakterier., frittlevende nitrogenfikserende bakterier, Neisseria, Chromatium, enteriske, Vibrio, Photobacterium, Rickettsia, spirilla, skjedeformede, prostekate, myxobacteria, svovelreduserende. Aeromonas (orden Aeromonadales) er fakultativt anaerobe stavformete bakterier, hvorav noen er patogener hos fisk e.g. Aeromonas hydrophila, men også hos menneske. Burkholderia (orden Burkholderiales) er obligat aerobe stavformete og flere arter er patogene e.g. Burkholderia pseudomallei, Burkholderia mallei.
Divisjonen Proteobacteria er delt inn i klassene Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Epsilonproteobacteria, Gammaproteobacteria, Zetaproteobacteria, Acidithiobacillia, Hydrogenophilalia, og Oligoflexia.
Alfaproteobacteria
Omfatter slektene: Anaplasma, Agrobacterium, Brucella, Caulobacter, Ehrlichia, Magnetococcus, Neorickettsia, Orientia, Pelagibacter, Rickettsia, Rhizobium, Wolbachia.
Betaproteobacteria
Inndelt i fire ordner med slekter i parentes:1. Burkholderiales (Burkholderia, Bordetella, Cupriavidus, Achromobacter, Oxaloabacter, Alcaliganes,), 2. Neiserriales (Neisseria,), 3. Nitrosomonadales (Nitrosomonas,Nitrosospira, Nitrosolubus, Spirillum, Thiobacillus) og 4. Rhodocyclales.
Gammaproteobacteria
Omfatter slektene: Buchnera, Haemophilus, Escherichia, Pseudomonas, Salmonella, Shewanella, Shigella, Vibrio, Yersinia, Xylella, Chromatium, Xanthomonas.
Deltaproteobacteria
Omfatter slektene: Bdellovibrio, Desulfovibrio, Geobacter, Myxobacteria.
Epsilonproteobacteria
Omfatter slektene: Campylobacter, Helicobacter, Wolinella, Sulfurimonas,
Zetaproteobacteria
Jernoksiderende kjemolitotrofe bakterier i estuarier og marine habitater, blant annet i hydrotermiske ventiler. Omfatter slektene: Ghiorsea, Mariprofundus
Acidithiobacillia
Svoveloksiderende bakterier. Omfatter slektene: Acidothiobacillus, Thermithiobacillus.
Hydrogenophilalia
Termofile hetertrofe eller autotrofe bakterier med hydrogen (H2) som elektrondonor. Omfatter slektene: Hydrogenophilus, Tepidiphilus.
Oligoflexia
Omfatter slektene: Oligoflexus,
Gram-positive bakterier
II: Gram-positive bakterier (aktinobakterier, propionsyrebakterier, staphylokokker, Micrococcus, Sarcina, melkesyrebakterier, endosporedannende, mycoplasma, corynebakterier, Mycobacterium.
Cyanobakterier og proklorofytter
III: Cyanobacteria (blågrønnbakterier) + proklorofytter (fototrofe som skiller ut oksygen).
Chlamydiae
IV: Chlamydiae er obligate intracellulære parasitter. Gram-negative og eggformete (ovoide)
Planctomycetes
V: Planctomycetes mangler peptidoglykan i celleveggen, stilkformede. Planctomycetes omfatter bl.a. aanaerobe ammoniumoksiderende bakterier.
Bacteroidetes
VI: Flavobakterier (Flavobacteria)+ Bacteroides. Bacteroides i mikrobiomet i tarm, Flavobacterium i vann, Cytophaga er aerob og bryter ned cellulose i jord.
Chlorobi
VII: Grønne svovelbakterier familie Chlorobiacae er anaerobe, fototrofe, fotolitotrofe, ikkebevegelige, og har klorosomer med bakterieklorofyll og meget effektiv lysabsorbsjon. Oksiderer reduserte svovelforbindelser. Slekter: Chlorobium, Chlorobaculum, Chloroherpeton, Prosthecochloris,
Spirochaetes
VIII: spirocheter er Gram-negative, spiralformede, bevegelige med flagell mellom membraner i en dobbel membran, kjemoheterotrofe. Slekter: Borrelia, Leptospira, Treponema, Brachyspira.
Deinococcus-Thermus
IX: Deinococci er ekstremofile bakterier (termofile, stråletolerante) farget av karotenoider. Slekter: Deinococcus, Thermus
Chloroflexi
X: Grønne ikkesvovelbakterier er termofile, anerobe, fototrofe. Filamentøse grønne ikke-svovelbakterier. Uklar taksonomisk plassering.
Hypertermofile
XI-XIII: Hypertermofile. Hypertermofile (supervarmeelskere) er bakterier innen Bacteria og arkéer (Archaea) som lever ved yttergrensen for liv ved høy temperatur.
Aquificae
XI Aquificae med slekten Aquifex. Gram-negative autotrofe ekte bakterier i varme kilder eller undersjøiske vulkaner CO2-fiksering via reduktiv trikarboksylsyresyklus (revers sitronsyresyklus) hvor det dannes acetyl-CoA. Thermocrinis, Thermovibrio
Thermotogae
XII Thermotagae omfatter anaerobe Gram-negative ekte bakterier. Slekter: Thermotoga
XIII ?