Ytterst er det en proteinkappe, deretter følger en ytre membran og bark (cortex) bestående peptidoglykan. Deretter følger en cellevegg og en innermembran og innerst et dehydredrert stadium av nukleinsyrer pakket med små proteiner, dipikolinat, ribosomer.
Aerobe Bacillus og anaerobe Clostridium er eksempler på bakterier som lager (sporogenese) metabolsk inaktive endosporer som kan være i hvile i mange år. De kan gi ødeleggelse av matvarer, spre matbårne sykdommer og kan virke som biovåpen.
Dipikolinsyre (dipicolinat, pyridin-1,6-dikarboksylsyre) danner kompleksbinding med kalsium (Ca2+) i den indre kjernen av endosporen og bidrar til varmetoleransen og stabiliserer DNA og beskytter genomet mot varmedenaturering.
Endosporer fra bakterier er meget tolerante for ytre stress, og krever avanserte steriliseringsmetoder.