Det sammensatte system med alle dets interaksjoner og noder krever bruk av stor datamaskinkraft og visualeringsteknikker. Molekylærbiologien har skaffet enorme datamenger, og det er behov for å kunne systematisere og organisere all kunnskapen i et samlet hele (interaktomikk, studiet av interaksjoner). Systembiologien anvender data fra molekylært nivå til organism- oh økosystemnivå: genomikk (gener og genregulering, tredimensjonal genomstruktur), proteomikk (proteiner, enzymer (biologiske katalysatorer), enzymkinetikk, enzymregulering, tredimensjonal struktur), epigenetikk, neurale nettverk, grafteori, næringskjeder, næringsnettverk, signaloverføring, støkiometri, flukosomikk (flukser og transportprosesser hvor mye stoff blir transportert per areal- og tidsenhet, diffusjon).
Systembiologi
Studiet av det komplekse nettverket av enzymer, metabolitter og biosynteseveier, deres regulering og styring i en organisme, inkludert genregulering. I studiet brukes matematiske og statistiske modeller, og målet er å få en overordnet forståelse av interaksjonen mellom alle de molekylære biokjemiske reaksjonene i en organismer. Systembiologi gir en helhetlig oversikt, det hele, holisme, i motsetning til reduksjonisme studiet av delene, men som holismen bygger på. Systembiologi omfatter på organisasjonsnivå strukturen av celler, cellevev, organer, morfogenese, regulering og signalene mellom dem. På organismenivå, ennå et trinn høyere, omfatter systembiologi den komplekse interaksjon og populasjonsdynamikk i nisjer og økosystemer, biomer, inkludert det globale økosystemet hvor næringsnett og biotiske og abiotiske miljøfaktorer inngår.