Som alltid har det falt på unge Links skuldre å redde verden og prinsesse Zelda fra den stadig tilbakevendende ondskapen og alle dens utrivelige figurer. Spesialiteten til dette spillets skurk er at han tryller greie folk om til veggmalerier. Dette klarer imidlertid Link å snu til sin fordel, siden han innehar evnen til å trylle seg selv tredimensjonal igjen. Dermed kan han smyge seg langs vegger og på den måten forsere avgrunner han ellers ikke ville kommet seg over. Grepet er stilig og veldig anvendelig.
En annen god nyvinning er redskapsbua som leier kåken til vår hovedperson mens han er ute på eventyr. Her kan du velge deg det du trenger til å løse ulike oppgaver. Det fører til at historien blir åpnere og mindre lineær enn det som har vært tilfelle tidligere, når man måtte skaffe seg ting litt etter hvert. Det er imidlertid en hake ved utleiebua, og det er at han som driver den henter tilbake det du har leid hvis/når du får game over. Men dette er også en bra ting på mange måter. For det første får du endelig brukt litt av rupee-formuen du opparbeider deg i løpet av spillet. For det andre gir det et ekstra spenningsmoment hver gang du får høre pipingen som indikerer at det er lite liv igjen.