Forskningsområde
Jeg er interessert i hvordan genene reguleres; - hvordan cellene holder styr på hvilke av de vel 20.000 genene våre som skal være "av" eller "på" i kroppens ulike celler og vev. Hundrevis av forskjellige transkripsjonsfaktorer bidrar til dette. Men pakking av genenes DNA i kromosomene spiller også en avgjørende rolle for genregulering. Genenes DNA er kveilet rundt histonproteiner til nukleosomer, nesten som perler på en snor, og disse foldes i neste omgang til kromatin i kromosomene. Histonene kan merkes av forskjellige biokjemiske modifikasjoner slik at dette reflekterer genenes status: "av" eller "på". Dersom histonmerkene kopieres og opprettholdes gjennom flere cellegenerasjoner, kan det bidra til å gi cellene en slags "hukommelse"; - cellene "husker" hvilke gener som skal være av eller på. Dette kalles epigenetisk genregulering. For å finne ut hvordan histonene bidrar til genregulering, jakter vi på proteiner som gjenkjenner ulike histonmodifikasjoner og derigjennom deltar i genregulering. Nå jakter vi på proteiner som gjenkjenner og binder til en histonmodifikasjon (Histon H3, lysin 27-acetylert; H3K27ac) som er anriket i kromatin til aktive enhancere, - gen-regulatoriske elementer som virker på lang avstand [Dette kan du høre mer om i mitt BIO-torsdag-foredrag fra høsten 2018].
Vi benytter både biokjemiske, bioinformatiske og molekylærbiologiske metoder.
Undervisning
Jeg underviser BIOS1110 - Celle- og molekylærbiologi for førstesemesterstudenter i bachelorprogrammet i biovitenskap, - og enkelte forelesninger i andre emner.
Bakgrunn
Utdanning:
1984: Cand. scient., biochemistry, Universitetet i Bergen,
1991: Dr. scient, molekylærbiologi, Universitetet i Bergen
Stillinger:
1985-1989: Doktorgradsstipendiat (Kreftforeningen), Felleslaboratorium for bioteknologi, Universitetet i Bergen
1989-1990: Forsker, Marine Genetics AS
1990-1991: Førsteamanuensis, Felleslaboratorium for bioteknologi, Universitetet i Bergen
1992-1995: Post.doc., Gene Expression Programme, EMBL, Heidelberg
1995-2001: Førsteamanuensis, Felleslaboratorium for bioteknologi - fra 1997: Molekylærbiologisk institutt, Universitetet i Bergen
2002-2016: Professor, Molekylærbiologisk institutt, Universitetet i Bergen
2012-2016: Instituttleder, Molekylærbiologisk institutt, Universitetet i Bergen
2017-2021: Instituttleder, Institutt for biovitenskap, Universitetet i Oslo
2021- nå: Professor, Institutt for biovitenskap, Universitetet i Oslo
Verv og akademiske roller (noen av dem):
2005-2010: Visedekan for utdanning, Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet, Universitetet i Bergen
2008-2011: Styremedlem, Forskningsrådets FUGE-program
2012-2015: Styremedlem, Forskningsrådets BIOTEK2021-program
2011-2020: Norsk delegat til Board of Trustees for Human Frontier Science Program (HFSP); visepresident fra 2018-2020.
siden 2014: Norsk delegat til Board for ELIXIR (EU/ESFRI for bioinformatikk), 2017-2018: chair
Emneord:
livsvitenskap,
genregulering,
Epigenetikk
Utvalgte publikasjoner
Utvalgte arbeider (se CRIStin eller ResearchGate for en mer komplett liste)
Bril’kov M, Dobrovolska O, Ødegård-Fougner Ø, Turcu D, Strømland Ø, Underhaug J, Aasland R, and Halskau Ø. (2022). Binding Specificity of ASHH2 CW Domain Toward H3K4me1 Ligand Is Coupled to Its Structural Stability Through Its α1-Helix. Front Mol Biosci. 2022 Apr 13;9:763750. doi: 10.3389/fmolb.2022.763750.
Dobrovolska O, Brilkov M, Madeleine N, Ødegård-Fougner Ø, Strømland Ø, Martin SR, De Marco V, Christodoulou E, Teigen K, Isaksson J, Underhaug J, Reuter N, Aalen RB, Aasland R, Halskau Ø. The Arabidopsis (ASHH2) CW domain binds monomethylated K4 of the histone H3 tail through conformational selection.
(2020). FEBS J. 287:4458-4480. doi:10.1111/febs.15256.
Kirill Jefimov, Nicolas Alcaraz, Susan L. Kloet, Signe Värv, Siri Aastedatter Sakya, Christian Dalager Vaagenso, Michiel Vermeulen, Rein Aasland, and Robin AnderssonThe GBAF chromatin remodeling complex binds H3K27ac and mediates enhancer transcription (2018).
Deposited with bioXriv (doi: https://doi.org/10.1101/445148), - submitted for peer review.
Dobrovolska O, Bril'kov M, Ødegård-Fougner Ø, Aasland R, Halskau Ø. (2018) 1H, 13C, and 15N resonance assignments of CW domain of the N-methyltransferase ASHH2 free and bound to the mono-, di- and tri-methylated histone H3 tail peptides. Biomol NMR Assign. 12:215-220.
Taxt, Arne Michael; Diaz, Yuleima; Aasland, Rein; Clements, John D.; Nataro, James Paul; Sommerfelt, Halvor; Puntervoll, Pål. (2016) Towards rational design of a toxoid vaccine against the heatstable toxin of Escherichia coli. Infection and Immunity 84:1239-1249
Rack JGM, Lutter T, Bjerga GEK, Guder C, Ehrhardt C, Varv S, Ziegler M, and Aasland R. (2014) The PHD finger of p300 influences its ability to acetylate histone and non-histone targets. Journal of Molecular Biology. 426:3960-3972
Rack JGM, Van Linden MR, Lutter T, Aasland R, and Ziegler M. 2014. Constitutive nuclear localization of an alternatively spliced sirtuin-2 isoform. Journal of Molecular Biology. 426:1677-1691.
Hoppmann V, Thorstensen T, Kristiansen PE, Veiseth SV, Rahman MA, Finne K, Aalen RB, and Aasland R. (2011) The CW domain, a new histone recognition module in chromatin proteins. EMBO J. 30: 1939-1952..
Xiao B, Sanders MJ, Underwood E, Heath R, Mayer FV, Carmena D, Jing C, Walker PA, Eccleston JF, Haire LF, Saiu P, Howell SA, Aasland R, Martin SR, Carling D, Gamblin SJ. (2011) Structure of mammalian AMPK and its regulation by ADP. Nature 472:230-233.
Denoeud F, Henriet S, Mungpakdee S, Aury JM, Da Silva C, Brinkmann H, Mikhaleva J, Olsen LC, Jubin C, Cañestro C, Bouquet JM, Danks G, Poulain J, Campsteijn C, Adamski M, Cross I, Yadetie F, Muffato M, Louis A, Butcher S, Tsagkogeorga G, Konrad A, Singh S, Jensen MF, Cong EH, Eikeseth-Otteraa H, Noel B, Anthouard V, Porcel BM, Kachouri-Lafond R, Nishino A, Ugolini M, Chourrout P, Nishida H, Aasland R, Huzurbazar S, Westhof E, Delsuc F, Lehrach H, Reinhardt R, Weissenbach J, Roy SW, Artiguenave F, Postlethwait JH, Manak JR, Thompson EM, Jaillon O, Du Pasquier L, Boudinot P, Liberles DA, Volff JN, Philippe H, Lenhard B, Roest Crollius H, Wincker P, and Chourrout D. (2010) Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate. Science. 330:1381-5.
Justin N, De Marco V, Aasland R, and Gamblin SJ. (2010) Reading, writing and editing methylated lysines on histone tails: new insights from recent structural studies. Curr Opin Struct Biol. 20:730-8.
Taxt A, Aasland R, Sommerfelt H, Nataro J, and Puntervoll P. (2010) Heat-stable enterotoxin of enterotoxigenic Escherichia coli as a vaccine target. Infect Immun. 78:1824-31.
Gould CM, Diella F, Via A, Puntervoll P, Gemünd C, Chabanis-Davidson S, Michael S, Sayadi A, Bryne JC, Chica C, Seiler M, Davey NE, Haslam N, Weatheritt RJ, Budd A, Hughes T, Pas J, Rychlewski L, Travé G, Aasland R, Helmer-Citterich M, Linding R, and Gibson TJ. ELM: the status of the 2010 eukaryotic linear motif resource. Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D167-80.
Buchanan L, Durand-Dubief M, Roguev A, Sakalar C, Wilhelm B, Strålfors A, Shevchenko A, Aasland R, Shevchenko A, Ekwall K, and Francis Stewart A. (2009) The Schizosaccharomyces pombe JmjC-protein, Msc1, prevents H2A.Z localization in centromeric and subtelomeric chromatin domains. PLoS Genet. 5:e1000726
Thorstensen T, Grini PE, Mercy IS, Alm V, Erdal S, Aasland R, and Aalen RB. (2008) The Arabidopsis SET-domain protein ASHR3 is involved in stamen development and interacts with the bHLH transcription factor ABORTED MICROSPORES (AMS). Plant Mol Biol. 66:47-59
Glaser S, Schaft J, Lubitz S, Vintersten K, van der Hoeven F, Tufteland KR, Aasland R., Anastassiadis, K, Ang, SL., and Stewart, AF. (2006) Multiple epigenetic maintenance factors implicated by the loss of Mll2 in mouse development. Development.133:1423-1432.
Slagsvold T, Aasland R, Hirano S, Bache KG, Raiborg C, Trambaiolo D, Wakatsuki S, and Stenmark H. (2005) Eap45 in mammalian ESCRT-II binds ubiquitin via a phosphoinositide-interacting GLUE domain. J Biol Chem. 2005 280:19600-6.
Ragvin A, Valvatne H, Erdal S, Årskog V, Tufteland KR, Breen K, Øyan AM, Eberharter A, Gibson TJ, Becker PB, and Aasland R. (2004) Nucleosome binding by the bromodomain and PHD finger of the transcriptional cofactor p300. J Mol Biol. 337:773-88.
Korenjak M, Taylor-Harding B, Binne UK, Satterlee JS, Stevaux O, Aasland R, White-Cooper H, Dyson N, and Brehm A. (2004) Native E2F/RBF complexes contain Myb-interacting proteins and repress transcription of developmentally controlled E2F target genes. Cell. 119:181-93
Puntervoll P, Linding R, Gemund C, Chabanis-Davidson S, Mattingsdal M, Cameron S, Martin DM, Ausiello G, Brannetti B, Costantini A, Ferre F, Maselli V, Via A, Cesareni G, Diella F, Superti-Furga G, Wyrwicz L, Ramu C, McGuigan C, Gudavalli R, Letunic I, Bork P, Rychlewski L, Kuster B, Helmer-Citterich M, Hunter WN, Aasland R, and Gibson TJ. (2003) ELM server: A new resource for investigating short functional sites in modular eukaryotic proteins. Nucleic Acids Res. 31:3625-3630.
Roguev A, Schaft D, Shevchenko A, Aasland R, Shevchenko A, and Stewart AF. (2003) High conservation of the Set1/Rad6 axis of histone 3 lysine 4 methylation in budding and fission yeasts. J Biol Chem. 278:8487-8493.
Conklin D, Jonassen I, Aasland R, and Taylor WR. (2002) Association of nucleotide patterns with gene function classes: application to human 3' untranslated sequences. Bioinformatics. 18:182-189.
Pijnappel, W.W., Schaft D., Roguev, A., Schevchenko, A., Tekotte, H., Wilm, M., Rigaut, G., Seraphin B., Aasland, R., and Stewart, A.F. (2001) The S. cerevisiae SET3 complex includes two histone deacetylases, Hos2 and Hst1, and is a meiotic-specific repressor of the sporulation gene program. Genes Dev. 15:2991-3004
Roguev, A., Schaft, D., Schevchenko, A., Pijnappel, W.W., Wilm, M., Aasland, R., and Stewart, A.F. (2001) The Saccharomyces cerevisiae Set1 complex includes and Ash2 homologue and methylates histone 3 lysine 4. EMBO J. 20:137-148
Gaullier JM, Simonsen A, D'Arrigo A, Bremnes B, Aasland R., Stenmark H (1998) FYVE fingers bind PtdIns(3)P. Nature 394:432-3.
Gibson, T.J., Ramu, C. Christine Gemund, C., and Aasland, R. (1998). The APECED polyglandular autoimmune syndrome protein, AIRE-1, contains the SAND domain and is probably a transcription factor. Trends Biochem. Sci. 23:242-244
Aasland, R., Stewart, A. F., and Gibson, T. J. (1996). The SANT domain:A putative DNA binding domain in the SWI-SNF and ADA complexes, the transcriptional co-repressor N-CoR and TFIIIB. Trends Biochem. Sci. 21, 87-88.
Aasland, R., and Stewart, A. F. (1995). The chromo shadow domain, a second chromo domain in heterochromatin-binding protein 1, HP1. Nucl. Acids. Res. 23:3168-3173.
Aasland, R., Gibson, T. J., and Stewart, A. F. (1995). The PHD-finger: implications for chromatin-mediated transcriptional regulation. Trends Biochem. Sci. 20:56-59.
Publisert
7. feb. 2017 13:32
- Sist endret
27. apr. 2023 10:29
