Standardmodellen besvarer mange av spørsmålene om materiens struktur og stabilitet med sine seks kvarktyper, seks leptontyper og fire krefter. Men Standardmodellen er ikke komplett - det finnes fortsatt mange ubesvarte spørsmål.
Hvorfor observerer vi nesten bare materie og ikke noe antimaterie hvis vi tror det er en symmetri mellom materie og antimaterie i universet?
Hva utgjør den "mørke materien" som vi ikke kan se, men som har synlige gravitasjonelle effekter i universet?
Hvorfor kan ikke Standardmodellen forutsi partiklenes masser?
Er kvarker og leptoner virkelig fundamentale, eller er de bygget opp av enda mer grunnleggende partikler?
Hvorfor er det akkurat tre generasjoner av kvarker og leptoner?
Hvordan passer tyngdekraften inn i alt dette?