Lab-arbeid
En del labarbeid må til før prøvene er ferdig behandlet og klare for analyse. Vi startet med å ekstrahere DNAet fra filtrene prøvene har vært lagret i. Dette gjøres med et “kit”, en pakke med reagenser og utstyr fra en produsent, med alt man trenger for ekstraksjon.
Som jeg skrev om i første blogginnlegg, er påvisning av B.dendrobatidis (Bd) og kartlegging av amfibiediversitet hovedmålene for dette prosjektet. Påvisning av Bd ble gjort med en metode kalt qPCR, mens klartlegging av amfibiearter ble gjort ved metabarcoding. Metabarcoding er en metode for å analysere DNA fra ulike arter i en prøve, og bruke dette til å finne ut hvilke arter som er til stede. qPCR og metabarcoding er to ganske ulike metoder, men deler noen grunnleggende steg. I prøvene er mengden med DNA lav, og vi ønsker i begge tilfellene å øke mengden DNA vi jobber med. Dette gjøres med PCR - en reaksjon hvor DNA-fragmenter oppkopieres i store mengder. I en PCR kan man også “bestemme” hva slags DNA-fragmenter man ønsker å kopiere opp.
Ulike metoder
For påvisning av Bd med qPCR, bestemmer vi at kun DNA fra denne arten skal oppkopieres. Om DNA fra soppen er til stede i en gitt prøve, vil dette DNA-et øke i mengde og detekteres. Dette er en effektiv måte å påvise tilstedeværelsen av spesifikke arter i en prøve.
Metabarcoding krever fler steg, inkludert PCR, hvor vi bestemmer at DNA fra alt av amfibier kopieres opp. Dette DNA-et blir så sekvensert - vi “leser” sekvensen til DNA-fragmentene. Sekvensinformasjonen brukes til å skille mellom de ulike artene som finnes i en gitt prøve, og gir oss en liste over de ulike artene til stede. Metabarcoding produserer mye data, og det er dette Linda, den andre praksis-studenten hos eDNA solutions, har jobbet med dette semesteret.
Siste del av arbeidet blir å være med å lage rapporten som oppsummerer resultatene, og som skal ende opp hos Miljødirektoratet.
God erfaring
Dagene på lab har ofte blitt lange, men lab-delen av praksisen har vært veldig lærerik, og gøy å få være med på. For min del er læringsutbyttet alltid større når jeg aktivt kan få ta del i det jeg skal lære om, enn kun å lese om det, og jeg har fått en god introduksjon til ulike labteknikker og -metoder jeg ikke har vært kjent med tidligere. I biovitenskap-bacheloren kan man ta ulike fag hvor lab inngår, men praksisen har vært en svært god mulighet til å få mer, og relevant, laberfaring.
