Uvelkommen gjest på dørstokken
Batrachochytrium dendrobatidis er en parasittisk sopp som har stått for utryddelsen av amfibiearter over hele verden, og som nå også kan utgjøre en potensiell trussel for norske amfibier. Soppen er opprinnelig fra Sør-Amerika, men har spredt seg raskt, og finnes nå flere steder i Europa, blant annet Sverige. Artsdatabanken i Norge regner B. denrobatidis som en dørstokkart, og det er frykt for at den kan etablere seg i norsk natur.
Analyser av prøver fra norske vann i Østlandsområdet i 2017 har påvist tilstedeværelse av arten, som indikerer at den kan være i ferd med å gjøre inntog i Norge. Og klarer den først å få et ordentlig fotfeste, er den vanskelig å bli kvitt.
Påvisning og kartlegging
Jeg har vært så heldig å få praksisplass hos eDNA solutions, en svensk bedrift som bruker DNA-basert teknologi for ulike formål innen naturforvaltning. Et av prosjektene de har, som jeg skal få være med på i høst, er et miljøovervåkningsprosjekt på vegne av Miljødirektoratet. Hovedmålene er påvisning og monitorering av B. dendrobatidis, samt å se om soppen forekommer i samme område som salamandere, en allerede truet amfibieart i Norge. B. dendrobatidis er dårlig nytt for norske amfibier, og tidlig påvisning og kartlegging av soppen er viktig for å igangsette tiltak for å minimere utbredelsen.
Utfordringer
En hovedutfordring med påvisning av B. dendrobatidis er at det er en mikroorganisme, og dermed umulig å få øye på i seg selv. For å identifisere den direkte i felt må man finne allerede infiserte dyr med tegn på sykdom, og dette er omfattende og tidskrevende arbeid. eDNA Solutions bruker andre påvisningsmetoder enn visuell observasjon, men litt feltarbeid må allikevel til, før DNA og strekkode-inspirert molekylærbiologi kommer inn i bildet.
eDNA og biologiske strekkoder
Første del av praksisen har allerede blitt tilbrakt ute i felt. Vi har tatt vannprøver fra små tjern med kjent amfibieforekomst i hele Østlandsområdet, inkludert der B. dendrobatidis ble påvist i 2017.
Prøvene skal så inn på lab, og det er der selve påvisningen skjer. For å påvise arter kan man nemlig bruke DNA-spor. Alle organismer har celler med DNA, og når for eksempel hudceller flasser av, havner celler og DNA i omgivelsene til organismen. Slikt “mistet” DNA kalles environmental DNA (eDNA), miljø-DNA på norsk. I vannprøvene vil det derfor være miljø-DNA som stammer fra mange ulike arter. I DNAet ligger det gener, og ulike arter har mange felles gener, med noe variasjon fra art til art. Akkurat som strekkoder på varer i en butikk representerer forskjellige produkter, vil en spesifikk genvariant tilhøre en spesifikk art. Litt som når vi scanner en vare i butikken, kan vi bruke informasjonen fra DNA-fragmentene til å finne artene de stammer fra.
Miljø-DNA kan brukes til å påvise tilstedeværelse av B. dendrobatidis fra en enkelt vannprøve. I tillegg kan man få et bilde av alle artene som befinner seg i området hvor prøven ble tatt. Denne formen for artsidentifikasjon kalles meta-barcoding: “barcoding” nettopp fordi det er inspirert av strekkoding, og “meta” fordi man analyserer DNA fra flere ulike arter på en gang.
Slik kan man finne ut om salamandere og sopp forekommer sammen.
Det blir jobbing på lab fremover, og jeg gleder meg til å blogge mer om hva jeg gjør og lærer der!
