Organismer etterlater seg DNA-spor stadig vekk, som blir liggende i miljøet. Dette kalles for miljø-DNA og kan være alt fra hår og hud til slim og avføring. En innsamling av vannet, inneholdende miljø-DNA, gir oss derfor en indikasjon på hva slags arter som finnes i området og til hvilken grad.
eDNA solutions anvender og videreutvikler ulike bioinformatiske og statistiske programmer for å kunne analysere disse prøvene og sette sammen et bilde som kan representere mangfoldet. All informasjonen kommer fra denne lille vannprøven. Bak dette ligger mange avanserte algoritmer og koder. Derfor var tanken på å jobbe med dette prosjektet litt skremmende i begynnelsen, da jeg ikke har en så sterk bakgrunn i bioinformatikk. Dette viste seg å ikke være et problem.
Variert arbeid
Min første uke på kontoret til eDNA Solution var utrolig lærerikt. Det var som forventet mye nytt å sette seg inn i, men jeg fikk en grundig introduksjon og materialer jeg kunne lese meg opp på.
Programmet deres er ikke helt ferdig utviklet, men er allerede på god vei. Betaversjonen av dette programmet er en ufullstendig versjon av sluttproduktet. Oppgaven min er å samle inn resultatene fra analysen som kjøres her og se om det er noen feil eller forbedringspotensialer ved det, for en bedre brukeropplevelse. Ved feil rapporteres dette videre til utviklerne bak dette programmet. Jeg ble også introdusert til de ulike programvarene og plattformene som ofte blir brukt under utviklingen, noe jeg også bruker tiden min på å sette meg inn i.
Selve programmet deres er bygget på grunnlag av molekylærbiologiske metoder. Det var derfor svært givende å jobbe tett på med de ansatte som hadde ansvaret for laboratorie-teknikkene, slik at jeg til tider også fikk innspill fra denne delen for en bedre forståelse på hvordan ting henger sammen. Jeg fikk også vært med på en demonstrasjon av feltteknikker som benyttes når vannprøver til slike analyser skal samles inn.
Samarbeid på tvers av fagfelter
I løpet av oppholdet mitt hos eDNA Solutions har jeg også fått deltatt i en konferanse som ble holdt av bedriften. Personer med ulike fagbakgrunn samlet seg for å diskutere videreutvikling av bedriften, utfordringer og erfaringer som kan hjelpe bedriften på veien videre. Jeg fikk etter dette et bedre innblikk i hvordan nye prosjekter planlegges og utføres, samt samspillet mellom de ulike leddene i en slik bedrift.
Dialogmøte med Miljødirektoratet
Sporing av sjeldne organismer i miljøet svært viktig, da disse kan være truende for mangfoldet som allerede finnes. Miljødirektoratet i Norge holdt et dialogmøte med hensikten om å knytte ulike fagfolk for å utvikle automatiserte, sikre og effektive overvåkningssystemer ved bruk av miljø-DNA.
Jeg og Jenny, også en praktikant hos eDNA Solutions, fikk i oppdrag om å delta på dette møtet. Vi fikk i oppgave fra arbeidsgiver om å forberede oss til møtet og benytte muligheten til å lære oss å knytte kontakt med andre, samt lære å introdusere oss selv og bedriften, under slike settinger.
Deltakere på dette møtet var blant annet fra kunnskapsmiljøer innen maskin- og robotteknologi, DNA-ekstraksjon og analyse, digitalisering og databehandling. Mange spennende samtaler ble derfor holdt gående – alt fra ubåter og GPSer til filtreringsmetoder og vannkvalitet.
Vi dro hjem etter møtet litt klokere, litt mer nysgjerrige og litt bedre rustet for fremtidige nettverksutbygginger – noe som gjenspeiler ganske godt hva jeg sitter igjen med etter arbeidspraksisen så langt
