English version of this page

Sverre Branders

Bilde av Sverre Branders
Rom 046S031
Brukernavn
Besøksadresse Problemveien 25 UiO Livsvitenskapsbygget 0372 Oslo
Postadresse Postboks 1068 Blindern 0316 Oslo

Sverre er Postdoktor i CRCbiome-prosjektet og medlem av Bioinformatikk i Livsvitenskap (BiLS). Arbeidet hans fokuserer på å utvikle nye beregningsmetoder for identifisering av virus fra metagenomiske data, samt modellering av longitudinelle mikrobiomdata for oppdagelse av biomarkører og generativ maskinlæring. Målet med arbeidet er å forstå hvordan mikrobiomfaktorer påvirker risikoen for tykk- og endetarmskreft, og på sikt å forbedre tidlig påvisning, noe som kan gi betydelig bedre behandlingsutfall for pasientene.

Han er ekspert på mikrobiell metagenomikk og kliniske anvendelser av dette feltet. Han har en doktorgrad i beregningsbiologi og en mastergrad i molekylærbiologi, og har bidratt til flere nye bioinformatikkverktøy og metagenomikkstudier med stor gjennomslagskraft. Hans viktigste kompetanseområder omfatter utvikling av nye bioinformatikk- og maskinlæringsalgoritmer; utforming av skalerbare programvareverktøy ved bruk av lavnivåprogrammering; biostatistisk analyse og maskinlæringsanalyse av storskala multiomikkdata; samspill mellom mikrobiom og sykdom; antibiotikaresistens; og klinisk implementering. Sverre er faglig engasjert i tverrfaglig og internasjonalt samarbeid gjennom åpen vitenskap og fri programvare med åpen kildekode (FOSS). Blant hans tidligere samarbeidspartnere er Advanced Imaging Lab ved Harvard University (USA), Medical Microbiome-Metagenome Unit ved Institute of Medical Microbiology (Tyskland), Functional Genomics Lab ved Indian Institute of Technology (India) og European Association of Urology.

Emneord: Beregningsbiologi, Bioinformatikk, Biostatistikk, Mikrobiom, DNA sekvensering analyse, Virom, Maskinlæring & Kunstig Intelligens, Tykk- og Endetarmskreft, Biomarkører

Publikasjoner

  • Mahar, Nirmal Singh; Branders, Sverre; Grabherr, Manfred; Gupta, Ishaan & Ahmad, Rafi (2026). K-MARVEL: K-Mer-based antimicrobial resistance virtual exploration lab. Nature Communications. doi: 10.1038/s41467-026-77438-8. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre; Grabherr, Manfred & Ahmad, Rafi (2026). Mango: unearthing patterns in large-scale biological data through interactive correlation analysis | BMC Genomics | Springer Nature Link. BMC Genomics. doi: 10.1186/s12864-026-13249-x. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bellankimath, Anurag Basavaraj; Branders, Sverre; Kegel, Isabell; Ali, Jawad; Asadikhoeini, Fatemeh & Johansen, Truls Erik Bjerklund [Vis alle 10 forfattere av denne artikkelen] (2025). Metagenomic sequencing enables accurate pathogen and antimicrobial susceptibility profiling in complicated UTIs in approximately four hours. Nature Communications. 17. doi: 10.1038/s41467-025-66865-8. Fulltekst i vitenarkiv
  • Khezri, Abdolrahman; Branders, Sverre; Bellankimath, Anurag Basavaraj; Ali, Jawad; Chapagain, Crystal & Asadikhoeini, Fatemeh [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2025). MysteryMaster: scraping the bottom of the barrel of barcoded Oxford nanopore reads. BMC Bioinformatics. 26. doi: 10.1186/s12859-025-06266-2. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bellankimath, Anurag Basavaraj; Chapagain, Crystal; Branders, Sverre; Ali, Jawad; Wilson, Robert Charles & Johansen, Truls E. Bjerklund [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2024). Culture and amplification-free nanopore sequencing for rapid detection of pathogens and antimicrobial resistance genes from urine. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. ISSN 0934-9723. 43(11), s. 2177–2190. doi: 10.1007/s10096-024-04929-1. Fulltekst i vitenarkiv
  • Villard, Didrik; Snipen, Lars-Gustav; Rudi, Knut; Branders, Sverre; Saltnes, Torgeir & Eikås, Sondre [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2024). Transcriptional profiling elucidates biofilm functionality in the dynamic environment of an enhanced biological phosphorus removal reactor. Water Science and Technology. ISSN 0273-1223. 90(7), s. 2114–2130. doi: 10.2166/wst.2024.314. Fulltekst i vitenarkiv

Se alle arbeider i NVA

  • Bellankimath, Anurag Basavaraj; Branders, Sverre; Kegel, Isabell; Ali, Jawad; Asadi, Fatemeh & Johansen, Truls Erik Bjerklund [Vis alle 10 forfattere av denne artikkelen] (2025). Accurate and rapid turnaround of four hours for the diagnosis of complicated UTIs using metagenomics. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre; Grabherr, Manfred G. & Ahmad, Rafi (2025). Voyager: Real-time Taxonomic Characterization of Longread Mixed-species Sequencing Samples in Sorted Motif Distance Space. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bellankimath, Anurag Basavaraj; Branders, Sverre; Kegel, Isabell; Ali, Jawad; Asadi, Fatemeh & Johansen, Truls E. Bjerklund [Vis alle 10 forfattere av denne artikkelen] (2025). Turnaround time of just four hours from sample collection to informed decision-making for complicated urinary tract infections in a urology ward, using culture-independent metagenomics. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre; Kegel, Isabell; Ali, Jawad; Asadi, Fatemeh; Johansen, Truls E. Bjerklund & Imirzalioglu, Can [Vis alle 9 forfattere av denne artikkelen] (2025). Turnaround time of just four hours from sample collection to informed decision-making for complicated urinary tract infections in a urology ward, using culture-independent metagenomics. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre; Grabherr, Manfred G. & Ahmad, Rafi (2025). Voyager: novel real-time taxonomic characterization of long-read sequence data. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bellankimath, Anurag Basavaraj; Chapagain, Crystal; Branders, Sverre; Ali, Jawad; Wilson, Robert Charles & Johansen, Truls E. Bjerklund [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2025). Rapid Diagnosis of Urinary Tract Infection using Nanopore sequencing. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre; Grabherr, Manfred G. & Ahmad, Rafi (2024). Real-time Taxonomic Characterization of Long-read Mixed-species Sequencing Samples in Sorted Motif Distance Space: Voyager. BioRxiv. ISSN 0362-4331. doi: 10.1101/2024.04.13.589333. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bellankimath, Anurag Basavaraj; Chapagain, Crystal; Branders, Sverre; Ali, Jawad; Wilson, Robert Charles & Johansen, Truls E. Bjerklund [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2024). Rapid Detection of Clinically Relevant Uropathogens and Antimicrobial Resistance Genes in 5 Hours using Nanopore Sequencing. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre; Ahmad, Rafi & Grabherr, Manfred G. (2024). Real-time Taxonomic Characterization of Long-read Mixed-species Sequencing Samples in Distance-space. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre (2024). Machine Learning Solutions for Rapid Diagnostics of Infection and Antimicrobial Resistance. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bellankimath, Anurag Basavaraj; Chapagain, Crystal; Branders, Sverre; Ali, Jawad; Wilson, Robert Charles & Johansen, Truls E. Bjerklund [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2024). Detection of pathogens and antimicrobial resistant genes from urine within 5 hours using Nanopore sequencing. BioRxiv. ISSN 0362-4331. doi: 10.1101/2024.03.04.582689. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre; Ahmad, Rafi & Grabherr, Manfred G. (2024). Real-time Taxonomic Characterization of Long-read Mixed-species Sequencing Samples in Distance-space. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bellankimath, Anurag Basavaraj; Chapagain, Crystal; Branders, Sverre; Ali, Jawad; Wilson, Robert Charles & Johansen, Truls E. Bjerklund [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2024). Rapid Detection of Clinically Relevant Uropathogens and Antimicrobial Resistance Genes in 5 Hours using Nanopore Sequencing. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre (2023). Real-time Taxonomic Characterization of Metagenomic Long-read Data. Fulltekst i vitenarkiv
  • Chapagain, Crystal; Ali, Jawad; Branders, Sverre & Ahmad, Rafi (2023). Rapid Detection of Pathogens and Antimicrobial Resistance in Urine Using Nanopore Sequencing. Fulltekst i vitenarkiv
  • Branders, Sverre; Ahmad, Rafi; Grabherr, Manfred & Mahajan, Sumeet (2026). Machine Learning Solutions for Rapid Diagnostics of Infection and Antimicrobial Resistance. Universitet i Innlandet / University of Inland Norway. ISSN 9788283806175. Fulltekst i vitenarkiv

Se alle arbeider i NVA

Publisert 11. sep. 2026 13:27 - Sist endret 18. sep. 2026 09:23