Trine B Rounges forskningsinteresser er innen genomikk, epigenomikk, transkriptomikk, mikrobiomforskning og utvikling av kreftbiomarkører. Hennes forskningsmål er å identifisere DNA- og/eller RNA-mønstre som avslører kreftprogresjon på et tidlig stadium. Trine har bred bakgrunn innen bioinformatikk og molekylærbiologi. Hennes ekspertise er i å designe og etablere neste generasjons sekvenseringsprotokoller og påfølgende bioinformatikk.
Trine er PI for prosjektet CRCbiome finansiert av Kreftforeningen og HSØ, som har som mål å identifisere biomarkører i tarmmikrobiomet for bruk i screening av tykktarmskreft. I samarbeid med Paula Berstad leder de et arbeid for å belyse samspillet mellom mikrobiomet, livsstil, kosthold og medisinbruk på utvikling av tykktarmskreft.
Sammen med Hilde Langseth er Trine PI i et stort prosjekt som tar sikte på å identifisere sirkulerende RNA-kreftbiomarkører ved hjelp av serumprøver, finansiert av Norges Forskningsråd - JanusRNA. Forskergruppen har utviklet en småRNA-sekvenseringsprotokoll skreddersydd for prøver med lavt RNA-utbytte og gjort omfattende karakterisering av RNA-profiler i friske individer og livstil variabler. I dette prosjektet har de profilert pre-diagnostiske prøver fra syv ulike krefttyper Totalt er mer enn 4000 prøver analysert. Bioinformatiske, regresjons- og maskinlæringsmetoder brukes. Hun jobber også med prosjekter knyttet til DNA-metylering i tre ulike prosjekter.
Hun er også en av lederne i en tverrinstitusjonell gruppe som jobber med utvikling av metoder og analyser av genomiske endringer og variasjon ved vedvarende infeksjon av Human Papillomavirus, med mål om å finne ut om akkumuleringen av disse endringene kan brukes i livmorhalskreftscreening.