English version of this page

Kamran Shalchian-Tabrizi

Bilde av Kamran Shalchian-Tabrizi
Telefon +47 22 85 73 02
Mobiltelefon +47 41 04 53 28
Brukernavn
Besøksadresse Blindernveien 31 0371 Oslo
Postadresse Postboks 1066 Blindern 0316 Oslo

Faglige interesser

Jeg er professor i biologi ved Universitetet i Oslo og forsker på mikrobiell biodiversitet, evolusjon og samspill mellom mikroorganismer og deres miljøer. Min nyeste forskning fokuserer på jordhelse og hvordan mikrobiota påvirker fruktbarhet, karbonlagring og plantehelse i jordbruket. Gjennom tverrfaglige prosjekter kombinerer jeg avanserte DNA-analyser, økologisk teori og anvendt bioteknologi for å utvikle nye løsninger for bærekraftig matproduksjon.

Min forskning har utviklet seg fra å utforske dype evolusjonære relasjoner og biodiversitet hos protister til anvendt DNA-basert økologi og jordhelse.

Mikrobiell evolusjon og biodiversitet:
Jeg har bidratt til å forbedre fylogenetiske metoder og DNA-barcoding for å forstå evolusjonen til eukaryote mikrober, særlig i lite studerte protistgrupper. Forskningen har fokusert på store evolusjonære overganger i livets historie, inkludert opprinnelsen til dyr og planter fra encellede forfedre. Et sentralt tema har vært utviklingen av celleorganeller, særlig kloroplaster, gjennom prosesser som seriell endosymbiose. Ved å kombinere single-cell genomics med miljø-DNA-sekvensering, har jeg vært med på å avdekke dype evolusjonære forbindelser og utviklingen av komplekse cellestrukturer og livsformer.

DNA-basert økologi og bioinformatikk:
Jeg har utviklet metoder for høyoppløselig analyse av mikrobielle samfunn ved hjelp av metagenomikk, med anvendelser innen både grunnforskning og miljøovervåkning. I tillegg har jeg brukt og videreutviklet metoder innen single-cell genomics og single-cell transcriptomics for å undersøke genetisk funksjon og genuttrykk hos individuelle mikrobielle celler direkte fra miljøprøver. Disse tilnærmingene gir ny innsikt i økologiske roller og evolusjonær opprinnelse hos mikroorganismer som ellers er vanskelige å kultivere eller klassifisere.

Jordhelse og bærekraftig landbruk:
Jeg leder nå flere forskningsprosjekter som undersøker hvordan mikrobielle samfunn påvirker jordhelse i landbruket, med særlig fokus på fruktproduksjon – spesielt eple, morell og plomme. Arbeidet kombinerer DNA-sekvensering, særlig gjennom metagenomikk, med avansert bioinformatikk for å kartlegge og gjenopprette funksjonell mikrobiota i jord med mikrobiell ubalanse – ofte omtalt som “syk jord”.

Forskningen foregår i tett samarbeid med bønder, rådgivningstjenester og offentlige institusjoner, og tar utgangspunkt i konkrete utfordringer i norsk landbruk. Gjennom kombinasjonen av moderne mikrobiologi og fokus på organisk materiale og biologiske prosesser, har vi etablert et av Norges ledende forskningsmiljøer for jordhelse – med mål om å fremme bærekraftig matproduksjon basert på solid vitenskap og tverrsektorielt samarbeid.

Tre celler og leire
Dette kunst-vitenskapelige samarbeidet med fotograf Per Maning og arkitekt Kristoffer Øyen utforsker det biologiske og symbolske forholdet mellom mennesket og jorda, med leire som sentralt materiale. Prosjektet er ikke et sideprosjekt, men en integrert del av min forskning, som utfordrer og utvider mine faglige perspektiver. Det gir innsikt i hva det vil si å forstå liv, natur og jord – og hvordan kunnskap formes gjennom ulike metoder og tilnærminger. Gjennom tverrfaglig dialog og felles eksperimentering åpner prosjektet for nye måter å tenke, undersøke og kommunisere forskning på.

Pågående forskningsprosjekter

  • SICKSOIL – Et tverrfaglig prosjekt ved Universitetet i Oslo som undersøker årsakene til syk jord i fruktproduksjon ved hjelp av DNA-basert mikrobiell analyse.

  • SOILHEALTH – Et flerfaglig initiativ som samler forskere fra biologi, geofag, helse, og samfunnsfag for å forstå sammenhengen mellom mikrober, jordhelse og menneskelig og økologisk bærekraft.

  • Smartsoil Biotech – Kommersialisering av DNA-diagnostikk og biosolutions for å forbedre jordhelse og karbonlagring i landbruket.

  • Tre celler og leire – Et kunst-vitenskapelig samarbeid med fotograf Per Maning og arkitekt Kristoffer Øyen, hvor vi utforsker menneskets biologiske og symbolske tilknytning til jord og leire som levende materiale.

Publikasjoner

Se alle publikasjoner på Google Scholar

Undervisning

Jeg underviser i emner relatert til evolusjonsbiologi, mikrobiell biodiversitet og DNA-basert økologi, og veileder master- og PhD-studenter innen tematikk som spenner fra protist-fylogeni til anvendt jordmikrobiologi og bioinformatikk.

Utdannelse

  • 2003 Dr. scient., Molekylærevolusjon og fylogeni, Biologisk Institutt, UiO
  • 1999 Cand. scient. biologi, Seksjon for generell genetikk, Biologisk Institutt, UiO
  • 1995 Cand. mag., biologi, Biologisk Institutt, UiO

Tidligere akademiske stillinger

  • 2004-2006 Post doc. ved UiO og University of Oxford, England

Formidling og samarbeid

Jeg er opptatt av tverrfaglighet og formidler forskning gjennom både vitenskapelige og kunstneriske uttrykk. Gjennom samarbeid med bønder, bioteknologiske oppstartsbedrifter og kunstnere søker jeg å skape ny forståelse og anvendelse av biologisk kunnskap – fra feltarbeid til fotokunst og jordforbedring. Jeg bidrar også til populærvitenskapelig formidling, blant annet gjennom en nylig artikkel i Apollon som belyser hvordan jordmikrober påvirker plantehelse og økosystemer.

 

Emneord: Life sciences

Publikasjoner

  • Bjorbækmo, Marit Frederikke Markussen; Brodie, Juliet; Krabberød, Anders Kristian; Logares, Ramiro; Fuss, Janina & Fredriksen, Stein [Vis alle 9 forfattere av denne artikkelen] (2023). 18S rDNA gene metabarcoding of microeukaryotes and epi-endophytes in the holobiome of seven species of large brown algae. Journal of Phycology. ISSN 0022-3646. 59(5), s. 859–878. doi: 10.1111/jpy.13377. Fulltekst i vitenarkiv
  • Gulbrandsen, Øyvind Sætren; Andresen, Ina Jungersen; Krabberød, Anders Kristian; Bråte, Jon & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2021). Phylogenomic analysis restructures the Ulvophyceae. Journal of Phycology. ISSN 0022-3646. 57(4), s. 1223–1233. doi: 10.1111/jpy.13168. Fulltekst i vitenarkiv
  • Andresen, Ina J.; Orr, Russell John Scott; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Bråte, Jon (2021). Compartmentalization of mRNAs in the giant, unicellular green alga Acetabularia acetabulum. Algal Research. ISSN 2211-9264. 59. doi: 10.1016/j.algal.2021.102440. Fulltekst i vitenarkiv
  • Andresen, Ina Jungersen; Orr, Russell John Scott; Krabberød, Anders Kristian; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Bråte, Jon (2021). Genome sequencing and de novo assembly of the giant unicellular alga Acetabularia acetabulum using droplet MDA. Scientific Reports. 11. doi: 10.1038/s41598-021-92092-4. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell; Zhao, Sen; Klaveness, Dag; Yabuki, Akinori; Ikeda, Keiji & Makoto, Watanabe M. [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2018). Enigmatic diphyllatea eukaryotes: culturing and targeted PacBio RS amplicon sequencing reveals a higher order taxonomic diversity and global distribution. BMC Evolutionary Biology. 18(115), s. 1–13. doi: 10.1186/s12862-018-1224-z. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bråte, Jon; Neumann, Ralf Stefan; Fromm, Bastian; Haraldsen, Arthur Alexander Blørstad; Tarver, James E. & Suga, Hiroshi [Vis alle 11 forfattere av denne artikkelen] (2018). Unicellular origin of the animal microRNA machinery. Current Biology. ISSN 0960-9822. 28(20), s. 3288–3295.e5. doi: 10.1016/j.cub.2018.08.018. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell; Rombauts, Stephane; Peer, Yves Van de & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2017). Draft genome sequences of two unclassified bacteria, Sphingomonas sp. strains IBVSS1 and IBVSS2, isolated from environmental samples. Microbiology Resource Announcements (MRA). 5:e00894-17(34), s. 1–3. doi: 10.1128/genomeA.00894-17. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell; Rombauts, Stephane; Peer, Yves Van de & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2017). Draft genome sequences of two unclassified bacteria, Hydrogenophaga sp. strains IBVHS1 and IBVHS2, isolated from environmental samples. Microbiology Resource Announcements (MRA). 5(34). doi: 10.1128/genomeA.00884-17. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell; Rombauts, Stephane; Peer, Yves Van de & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2017). Draft genome sequences of two unclassified Chitinophagaceae bacteria, IBVUCB1 and IBVUCB2, isolated from environmental samples. Microbiology Resource Announcements (MRA). 5(33), s. 1–3. doi: 10.1128/genomeA.00787-17. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Peer, Yves Van de & Rombauts, S (2017). Draft genome Sequences of two Unclassified Chitinophagaceae bacteria, IBVUCB1 and IBVUCB2, Isolated from Environmental Samples. Microbiology Resource Announcements (MRA). doi: 10.1128/genomeA.00787-17. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Peer, Yves Van de & Rombauts, S (2017). Draft Genome Sequences of Two Unclassified Bacteria, Sphingomonas sp. Strains IBVSS1 and IBVSS2, Isolated from Environmental Samples. Microbiology Resource Announcements (MRA). 5(34). doi: 10.1128/genomeA.00894-17. Fulltekst i vitenarkiv
  • Freeman, Mark A.; Fuss, Janina; Kristmundsson, Árni; Bjorbækmo, Marit Fredrikke Markussen; Mangot, Jean-Francois & Campo, Javier del [Vis alle 9 forfattere av denne artikkelen] (2017). X-Cells Are Globally Distributed, Genetically Divergent Fish Parasites Related to Perkinsids and Dinoflagellates. Current Biology. ISSN 0960-9822. 27(11), s. 1645–1651. doi: 10.1016/j.cub.2017.04.045. Fulltekst i vitenarkiv
  • Krabberød, Anders Kristian; Orr, Russell; Bråte, Jon; Kristensen, Tom; Bjørklund, Kjell Rasmus & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2017). Single cell transcriptomics, mega-phylogeny and the genetic basis of morphological innovations in Rhizaria. Molecular Biology and Evolution (MBE). ISSN 0737-4038. doi: 10.1093/molbev/msx075. Fulltekst i vitenarkiv
  • Krabberød, Anders Kristian; Bjorbækmo, Marit Markussen; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Logares, Ramiro (2017). Exploring the oceanic microeukaryotic interactome with metaomics approaches. Aquatic Microbial Ecology. ISSN 0948-3055. 79(1), s. 1–12. doi: 10.3354/ame01811. Fulltekst i vitenarkiv
  • Forster, Dominik; Dunthorn, Micah; Mahé, Frédéric; Dolan, John R.; Audic, Stéphane & Bass, David [Vis alle 35 forfattere av denne artikkelen] (2016). Benthic protists: The under-charted majority. FEMS Microbiology Ecology. ISSN 0168-6496. 92(8), s. 1–11. doi: 10.1093/femsec/fiw120. Fulltekst i vitenarkiv
  • Massana, Ramon; Gobet, Angelique; Audic, Stéphane; Bass, David; Bittner, Lucie & Boutte, Christophe [Vis alle 35 forfattere av denne artikkelen] (2015). Marine protist diversity in European coastal watersand sediments as revealed by high-throughputsequencing. Environmental Microbiology. ISSN 1462-2912. 17(10), s. 4035–4049. doi: 10.1111/1462-2920.12955. Fulltekst i vitenarkiv
  • Kumar, Surendra; Krabberød, Anders Kristian; Neumann, Ralf Stefan; Michalickova, Katerina; Zhao, Sen & Zhang, Xiaoli [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2015). BIR pipeline for preparation of phylogenomic data. Evolutionary Bioinformatics. 11, s. 79–83. doi: 10.4137/EBO.S10189. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bråte, Jon; Adamski, Marcin; Neumann, Ralf Stefan; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Adamska, Maja (2015). Regulatory RNA at the root of animals: dynamic expression of developmental lincRNAs in the calcisponge Sycon ciliatum. Proceedings of the Royal Society of London. Biological Sciences. ISSN 0962-8452. 282(1821), s. 1–9. doi: 10.1098/rspb.2015.1746. Fulltekst i vitenarkiv
  • Neumann, Ralf Stefan; Kumar, Surendra & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2014). BLAST output visualization in the new sequencing era. Briefings in Bioinformatics. ISSN 1467-5463. 15(4), s. 484–503. doi: 10.1093/bib/bbt009. Fulltekst i vitenarkiv
  • Neumann, Ralf Stefan; Kumar, Surendra; Haverkamp, Thomas Hendricus Augustus & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2014). BLASTGrabber: A bioinformatic tool for visualization, analysis and sequence selection of massive BLAST data. BMC Bioinformatics. 15(128). doi: 10.1186/1471-2105-15-128. Fulltekst i vitenarkiv
  • Logares, Ramiro; Audic, Stéphane; Bass, David; Bittner, Lucie; Boutte, Christophe & Christen, Richard [Vis alle 29 forfattere av denne artikkelen] (2014). Patterns of Rare and Abundant Marine Microbial Eukaryotes. Current Biology. ISSN 0960-9822. 24(8), s. 813–821. doi: 10.1016/j.cub.2014.02.050. Fulltekst i vitenarkiv
  • Zhao, Sen; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Klaveness, Dag (2013). Sulcozoa revealed as a paraphyletic group in mitochondrial phylogenomics. Molecular Phylogenetics and Evolution. ISSN 1055-7903. 69(3), s. 462–468. doi: 10.1016/j.ympev.2013.08.005. Fulltekst i vitenarkiv
  • Liang, Zhe; Demko, Viktor; Wilson, Robert Charles; Johnson, Kenneth; Ahmad, Rafi & Perroud, Pierre-Francois [Vis alle 12 forfattere av denne artikkelen] (2013). The catalytic domain CysPc of the DEK1 calpain is functionally conserved in land plants. The Plant Journal. ISSN 0960-7412. 75(5), s. 742–754. doi: 10.1111/tpj.12235. Fulltekst i vitenarkiv
  • Zhao, Sen; Liang, Zhe; Demko, Viktor; Wilson, Robert; Johansen, Wenche & Olsen, Odd-Arne [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2012). Massive expansion of the calpain gene family in unicellular eukaryotes. BMC Evolutionary Biology. 12(193). doi: 10.1186/1471-2148-12-193. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bråte, Jon; Krabberød, Anders Kristian; Dolven, Jane Karine Lønne; Ose, Randi Frida; Kristensen, Tom & Bjørklund, Kjell Rasmus [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2012). Radiolaria Associated with Large Diversity of Marine Alveolates. Protist. ISSN 1434-4610. 163(5), s. 767–777. doi: 10.1016/j.protis.2012.04.004. Fulltekst i vitenarkiv
  • Torruella, Guifré; Derelle, Romain; Paps, Jordi; Lang, B. Franz; Roger, Andrew J. & Shalchian-Tabrizi, Kamran [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2012). Phylogenetic relationships within the Opisthokonta based on phylogenomic analyses of conserved single-copy protein domains. Molecular Biology and Evolution (MBE). ISSN 0737-4038. 29(2), s. 531–544. doi: 10.1093/molbev/msr185. Fulltekst i vitenarkiv
  • Zhao, Sen; Burki, Fabien; Bråte, Jon; Keeling, Patrick J; Klaveness, Dag & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2012). Collodictyon - An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes. Molecular Biology and Evolution (MBE). ISSN 0737-4038. 29(6), s. 1557–1568. doi: 10.1093/molbev/mss001. Fulltekst i vitenarkiv
  • Espelund, Mari; Minge, Marianne Aastebøl; Gabrielsen, Tove M; Nederbragt, Alexander Johan; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Otis, Christian [Vis alle 9 forfattere av denne artikkelen] (2012). Genome Fragmentation Is Not Confined to the Peridinin Plastid in Dinoflagellates. PLOS ONE. 7(6). doi: 10.1371/journal.pone.0038809. Fulltekst i vitenarkiv
  • Suga, Hiroshi; Dacre, Michael; Mendoza, Alex de; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Manning, G & Ruiz-Trillo, Iñaki (2012). Genomic Survey of Premetazoans Shows Deep Conservation of Cytoplasmic Tyrosine Kinases and Multiple Radiations of Receptor Tyrosine Kinases. Science Signaling. ISSN 1945-0877. 5(222). doi: 10.1126/scisignal.2002733. Fulltekst i vitenarkiv
  • Krabberød, Anders Kristian; Bråte, Jon; Dolven, Jane Karine Lønne; Ose, Randi Frida; Klaveness, Dag & Kristensen, Tom [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2011). Radiolaria Divided into Polycystina and Spasmaria in Combined 18S and 28S rDNA Phylogeny. PLOS ONE. 6(8). doi: 10.1371/journal.pone.0023526. Fulltekst i vitenarkiv
  • Gabrielsen, Tove M; Minge, Marianne Aastebøl; Espelund, Mari; Tooming-Klunderud, Ave; Patil, Viswanath & Nederbragt, Alexander Johan [Vis alle 11 forfattere av denne artikkelen] (2011). Genome Evolution of a Tertiary Dinoflagellate Plastid. PLOS ONE. 6(4), s. e19132–e19132. doi: 10.1371/journal.pone.0019132. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran; Røberg, Kjetil; Ree, Dan Kristofer; Klaveness, Dag & Bråte, Jon (2011). Marine-Freshwater Colonizations of Haptophytes Inferred from Phylogeny of Environmental 18S rDNA Sequences. Journal of Eukaryotic Microbiology. ISSN 1066-5234. 58(4), s. 315–318. doi: 10.1111/j.1550-7408.2011.00547.x. Fulltekst i vitenarkiv
  • Klaveness, Dag; Bråte, Jon; Patil, Viswanath; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Kluge, Ragnhild & Gislerød, Hans Ragnar [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2011). The 18S and 28S rDNA indentity and phylogeny of the common lotic chrysophyte Hydrurus foetidus. European journal of phycology. ISSN 0967-0262. 46(3), s. 282–291. doi: 10.1080/09670262.2011.598950. Fulltekst i vitenarkiv
  • Kumar, Surendra; Carlsen, Tor; Mevik, Bjørn-Helge; Enger, Pål; Blaalid, Rakel & Shalchian-Tabrizi, Kamran [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2011). CLOTU: An online pipeline for processing and clustering of 454 amplicon reads into OTUs followed by taxonomic annotation. BMC Bioinformatics. 12. doi: 10.1186/1471-2105-12-182. Fulltekst i vitenarkiv
  • Logares, Ramiro; Bråte, Jon; Heinrich, F; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Bertilsson, Stefan (2010). Infrequent Transitions between Saline and Fresh Waters in One of the Most Abundant Microbial Lineages (SAR11). Molecular Biology and Evolution (MBE). ISSN 0737-4038. 27(2), s. 347–357. doi: 10.1093/molbev/msp239. Fulltekst i vitenarkiv
  • Minge, Marianne Aastebøl; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Tørresen, Ole Kristian; Takishita, Kiyotaka; Probert, Ian & Inagaki, Yuji [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2010). A phylogenetic mosaic plastid proteome and unusual plastid-targeting signals in the green-colored dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum. BMC Evolutionary Biology. 10. doi: 10.1186/1471-2148-10-191. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bråte, Jon; Klaveness, Dag; Rygh, T; Jakobsen, Kjetill Sigurd & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2010). Telonemia-specific environmental 18S rDNA PCR reveals unknown diversity and multiple marine-freshwater colonizations. BMC Microbiology. 10(168). doi: 10.1186/1471-2180-10-168. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bråte, Jon; Logares, Ramiro; Berney, Cedric; Ree, Dan Kristofer; Klaveness, Dag & Jakobsen, Kjetill Sigurd [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2010). Freshwater Perkinsea and marine-freshwater colonizations revealed by pyrosequencing and phylogeny of environmental rDNA. The ISME Journal. ISSN 1751-7362. 4(9), s. 1144–1153. doi: 10.1038/ismej.2010.39. Fulltekst i vitenarkiv
  • Logares, Ramiro; Bråte, Jon; Bertilsson, Stefan; Clasen, Jessica L; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Rengefors, Karin (2009). Infrequent marine-freshwater transitions in the microbial world. Trends in Microbiology. ISSN 0966-842X. 17(9), s. 414–422. doi: 10.1016/j.tim.2009.05.010. Fulltekst i vitenarkiv
  • Burki, Fabien; Inagaki, Yuji; Bråte, Jon; Archibald, John M; Keeling, Patrick J & Cavalier-Smith, Thomas [Vis alle 14 forfattere av denne artikkelen] (2009). Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates. Genome Biology and Evolution (GBE). 1(1), s. 231–238. doi: 10.1093/gbe/evp022. Fulltekst i vitenarkiv
  • Logares, Ramiro; Bråte, Jon; Friederike, Heinrich; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Bertilsson, Stefan (2009). Infrequent transitions between saline and fresh waters in one of the most abundant microbial lineages (SAR11). Molecular Biology and Evolution (MBE). ISSN 0737-4038. doi: 10.1093/molbev/msp239. Fulltekst i vitenarkiv
  • Kumar, Surendra; Skjæveland, Åsmund; Orr, Russell; Enger, Pål; Ruden, Torgeir Andersen & Mevik, Bjørn-Helge [Vis alle 9 forfattere av denne artikkelen] (2009). AIR: A batch-oriented web program package for construction of supermatrices ready for phylogenomic analyses. BMC Bioinformatics. 10. doi: 10.1186/1471-2105-10-357. Fulltekst i vitenarkiv
  • Vishwanath, Patil; Bråte, Jon; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Jakobsen, Kjetill Sigurd (2009). Revisiting the Phylogenetic Position of Synchroma grande. Journal of Eukaryotic Microbiology. ISSN 1066-5234. 56(4), s. 394–396. Fulltekst i vitenarkiv
  • Minge, Marianne Aastebøl; Silberman, Jeffrey; Orr, Russell; Cavalier-Smith, Thomas; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Burki, Fabien [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2009). Evolutionary position of breviate amoebae and the primary eukaryote divergence. Proceedings of the Royal Society of London. Biological Sciences. ISSN 0962-8452. 276(1657), s. 597–604. doi: 10.1098/rspb.2008.1358. Fulltekst i vitenarkiv
  • Riisberg, Ingvild; Orr, Russell; Kluge, Ragnhild; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Bowers, HA & Vishwanath, Patil [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2009). Seven Gene Phylogeny of Heterokonts. Protist. ISSN 1434-4610. 160(2), s. 191–204. doi: 10.1016/j.protis.2008.11.004. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran; Bråte, Jon; Logares, R; Klaveness, Dag; Berney, Cedrik & Jakobsen, Kjetill Sigurd (2008). Diversification of unicellular eukaryotes: cryptomonad colonizations of marine and fresh waters inferred from revised 18S rRNA phylogeny. Environmental Microbiology. ISSN 1462-2912. 10(10), s. 2635–2644. doi: 10.1111/j.1462-2920.2008.01685.x. Fulltekst i vitenarkiv
  • Burki, F; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Pawlowski, J (2008). Phylogenomics reveals a new 'megagroup' including most photosynthetic eukaryotes. Biology Letters. ISSN 1744-9561. 4, s. 366–369. doi: 10.1098/rsbl.2008.0224. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran; Minge, Marianne Aastebøl; Espelund, Mari; Orr, Russell; Ruden, Torgeir Andersen & Jakobsen, Kjetill Sigurd [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2008). Multigene Phylogeny of Choanozoa and the Origin of Animals. PLOS ONE. 3(5). Fulltekst i vitenarkiv
  • Stensrud, Øyvind; Schumacher, Trond; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Svegården, Ingeborg Bjorvand & Kauserud, Håvard (2007). Accelerated nrDNA evolution and profound AT bias in the medicinal fungus Cordyceps sinensis. Mycological Research. ISSN 0953-7562. 111(4), s. 409–415. doi: 10.1016/j.mycres.2007.01.015. Fulltekst i vitenarkiv
  • Burki, Fabien; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Minge, Marianne Aastebøl; Skjæveland, Åsmund; Nikolajev, Sergey I & Jakobsen, Kjetill Sigurd [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2007). Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. PLOS ONE. 2(8). doi: 10.1371/journal.pone.0000790. Fulltekst i vitenarkiv
  • Kauserud, Håvard; Shalchian-Tabrizi, Kamran & DeCock, Cony (2007). Multi-locus sequencing reveals multiple geographically structured lineages of Coniophora arida and C. olivacea (Boletales) in North America. Mycologia. ISSN 0027-5514. 99, s. 705–713. Fulltekst i vitenarkiv
  • Edvardsen, B; Eikrem, W; Shalchian-Tabrizi, K; Riisberg, I; Johnsen, Geir & Naustvoll, L [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2007). Verrucophora farcimen gen. et sp nov (Dictyochophyceae, Heterokonta) - A bloom-forming ichthyotoxic flagellate from the Skagerrak, Norway. Journal of Phycology. ISSN 0022-3646. 43, s. 1054–1070. doi: 10.1111/j.1529-8817.2007.00390.x. Fulltekst i vitenarkiv
  • Logares, Ramiro; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Boltovskoy, Andrés & Rengefors, Karin (2007). Extensive dinoflagellate phylogenies indicate infrequent and usually not recent marine-freshwater transitions. Molecular Phylogenetics and Evolution. ISSN 1055-7903. 45, s. 887–903. doi: 10.1016/j.ympev.2007.08.005. Fulltekst i vitenarkiv
  • Logares, Ramiro; Rengefors, Karin; Kremp, Anke; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Boltovskoy, Andrés & Tengs, Torstein [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2007). Phenotypically different microalgal morphospecies with identical ribosomal DNA: A case of rapid adaptive evolution? Microbial Ecology. ISSN 0095-3628. 53, s. 549–561. doi: 10.1007/s00248-006-9088-y. Fulltekst i vitenarkiv
  • Tooming-Klunderud, Ave; Rohrlack, Thomas; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Kristensen, Tom & Jakobsen, Kjetill Sigurd (2007). Structural analysis of a non-ribosomal halogenated cyclic peptide and its putative operon from Microcystis: implications for evolution of cyanopeptolins. Microbiology (Reading). ISSN 1350-0872. 153(5), s. 1382–1393. doi: 10.1099/mic.0.2006/001123-0. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran; Kauserud, Håvard; Massana, R; Klaveness, Dag & Jakobsen, Kjetill Sigurd (2007). Analysis of environmental 18S ribosomal RNA sequences reveals unknown diversity of the cosmopolitan phylum Telonemia. Protist. ISSN 1434-4610. 158, s. 173–180. doi: 10.1016/j.protis.2006.10.003. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran; Skånseng, Marianne; Ronqvist, Fredrik; Klaveness, Dag; Bachvaroff, Tsvetan R & Delwiche, Charles F. [Vis alle 9 forfattere av denne artikkelen] (2006). Heterotachy Processes in Rhodophyte-Derived Secondhand Plastid Genes: Implications for Addressing the Origin and Evolution of Dinoflagellate Plastids. Molecular Biology and Evolution (MBE). ISSN 0737-4038. 23, s. 1504–1515. doi: 10.1093/molbev/msl011. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran; Eikrem, Wenche; Klaveness, Dag; Vaulot, Daniel; Minge, Marianne Aastebøl & LeGall, F [Vis alle 12 forfattere av denne artikkelen] (2006). Telonemia, a new protist phylum with affinity to chromist lineages. Proceedings of the Royal Society of London. Biological Sciences. ISSN 0962-8452. 273, s. 1833–1842. doi: 10.1098/rspb.2006.3515. Fulltekst i vitenarkiv
  • Kauserud, Håvard; Stensrud, Øyvind; DeCock, Cony; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Schumacher, Trond (2006). Multiple gene genealogies and AFLPs suggest cryptic speciation and long-distance dispersal in the basidiomycete Serpula himantioides (Boletales). Molecular Ecology. ISSN 0962-1083. 15(2), s. 421–431. doi: 10.1111/j.1365-294X.2005.02768. Fulltekst i vitenarkiv

Se alle arbeider i NVA

  • Spilde, Ingrid; Bråte, Jon & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2019). Knøttlite mysterium: Hva er egentlig forskjellen på deg og en encellet skapning? [Journal]. Forskning.no. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell John Scott; Zhao, Sen; Klaveness, Dag; Yabuki, Akinori; Ikeda, Keiji & Watanabe, Makoto M. [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2018). Correction to: Enigmatic Diphyllatea eukaryotes: culturing and targeted PacBio RS amplicon sequencing reveals a higher order taxonomic diversity and global distribution. BMC Evolutionary Biology. 18(1). doi: 10.1186/s12862-018-1233-y. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell; Rombauts, S; Peer, Yves Van De & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2017). Erratum to "Draft Genome Sequences of Two Unclassified Bacteria, Sphingomonas sp. Strains IBVSS1 and IBVSS2, Isolated from Environmental Samples" [Genome Announc., 2017, 5 (34):e00894-17.] Doi: 10.1128/genomeA.00894-17. Microbiology Resource Announcements (MRA). 5(41). doi: 10.1128/genomeA.01175-17. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell; Rombauts, Stephane; Peer, Yves Van de & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2017). Erratum: "Draft genome sequences of two unclassified Chitinophagaceae bacteria, IBVUCB1 and IBVUCB2, isolated from environmental samples" [Genome Announc, 5, 33, (2017), (e00787-17)] DOI:10.1128/genomeA.00787-17. Microbiology Resource Announcements (MRA). 5(41:e01152-17), s. 1–1. doi: 10.1128/genomeA.01152-17. Fulltekst i vitenarkiv
  • Orr, Russell; Zhao, Sen; Yabuki, Akinori & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2016). PacBio sequencing reveals the diversity and ecology of a deeply diverging eukaryote lineage. Fulltekst i vitenarkiv
  • Røsæg, Line Lieblein; Evenstad, Andreas; Andresen, Ina Jungersen; Bråte, Jon & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2016). Postembryonic development of Mnemiopsis leidyi inferred from gene expression data. Fulltekst i vitenarkiv
  • Evenstad, Andreas; Røsæg, Line Lieblein; Andresen, Ina Jungersen; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Bråte, Jon (2016). Evolution of non-coding RNAs in ctenophores. Fulltekst i vitenarkiv
  • Haraldsen, Arthur Alexander Blørstad; Bråte, Jon; Neumann, Ralf Stefan; Fromm, Bastian; Grini, Paul Eivind & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2016). Pre-metazoan origin of animal microRNAs. Fulltekst i vitenarkiv
  • Haraldsen, Arthur Alexander Blørstad; Bjorbækmo, Marit Markussen; Mangot, Jean-Francois; Fuss, Janina; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Hansen, Haakon [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2015). Protist diversity in a marine and lacustrine system: Patterns across a salinity gradient. Fulltekst i vitenarkiv
  • Fuss, Janina; Mangot, Jean-Francois; Bjorbækmo, Marit Markussen; Freeman, Mark A.; Bass, David & Shalchian-Tabrizi, Kamran [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2015). THE ENIGMATIC BASAL ALVEOLATE PARASITE X-CELL: CAN MULTIPLE GENOMIC APPROACHES REVEAL MORE? Fulltekst i vitenarkiv
  • Bjorbækmo, Marit Markussen; Neumann, Ralf Stefan; Haraldsen, Arthur Alexander Blørstad & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2015). HIDDEN PROTIST PARASITES: HOW CAN THEY BE DETECTED? Fulltekst i vitenarkiv
  • Fuss, Janina; Grønneberg, Estelle; Gylt, Torbjørn; Bjorbækmo, Marit Markussen; Mangot, Jean-Francois & Shalchian-Tabrizi, Kamran [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2015). Pee, poo and parasitic protists - what is living inside the fish we eat? Fulltekst i vitenarkiv
  • Bjorbækmo, Marit Markussen; Neumann, Ralf Stefan; Haraldsen, Arthur Alexander Blørstad & Shalchian-Tabrizi, Kamran (2015). Expanding our knowledge about parasites using PATHOS-DB (The PArasiTe–HOSt-DataBase). Fulltekst i vitenarkiv
  • Enevoldsen, Emily; Liow, Lee Hsiang; Voje, Kjetil L.; Orr, Russell; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Krabberød, Anders Kristian (2014). Macroevolution through molecular and morphological lenses: a history of microporellids. Fulltekst i vitenarkiv
  • Demko, Viktor; Johansen, Wenche; Perroud, Pierre-francois; Liang, Zhe; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Zhao, Sen [Vis alle 9 forfattere av denne artikkelen] (2013). The evolutionary history of eukaryotic calpains displays multiple variants of regulatory mechanisms for CysPc activity. Fulltekst i vitenarkiv
  • Demko, Viktor; Ako, Ako Eugene; Perroud, Pierre-Francois; Liang, Zhe; Johansen, Wenche & Wilson, Robert [Vis alle 10 forfattere av denne artikkelen] (2012). Searching for cellular targets of the plant calpain DEK1. Fulltekst i vitenarkiv
  • Liang, Zhe; Demko, Viktor; Zhao, Sen; Wilson, Robert; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Johansen, Wenche [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2012). The DEK1 protein evolved from an ancient form of membrane bound calpain and is highly conserved in land plants. Fulltekst i vitenarkiv
  • Tidemann, Grethe; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Vrålstad, Trude & Carlsen, Tor (2012). Hvordan skape et toppforskningsmiljø på under fem år. [Journal]. Uniforum. Fulltekst i vitenarkiv
  • Perroud, Pierre-Francois; Wilson, Robert Charles; Demko, Viktor; Liang, Zhe; Johansen, Wenche & Shalchian-Tabrizi, Kamran [Vis alle 9 forfattere av denne artikkelen] (2011). Multiple roles for DEK1 in Physcomitrella patens. Fulltekst i vitenarkiv
  • Demko, Viktor; Perroud, Pierre-Francois; Johansen, Wenche; Wilson, Robert Charles; Liang, Zhe & Shalchian-Tabrizi, Kamran [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2011). The DEK1 and CRINKLY4 proteins play a fundamental role in the development of land plants - from Arabidopsis back to the moss Physcomitrella patens. Fulltekst i vitenarkiv
  • Liang, Zhe; Demko, Viktor; Zhao, Sen; Wilson, Robert Charles; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Olsen, Odd-Arne [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2011). The calpain module of the DEK1 protein from the moss Physcomitrella functionally complements the Arabidopsis dek1-3 mutant. Fulltekst i vitenarkiv
  • Johansen, Wenche; Liang, Zhe; Demko, Viktor; Zhao, Sen; Wilson, Robert Charles & Shalchian-Tabrizi, Kamran [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2011). Dek1 calpain evolution. Fulltekst i vitenarkiv
  • Olsen, Odd-Arne; Johansen, Wenche; Emilsen, Sidsel; Belova, Tatiana; Liang, Zhe & Smalås, Arne [Vis alle 17 forfattere av denne artikkelen] (2010). Structural & functional significance of the DEK1 phytocalpain during land plant evolution from green algae. Fulltekst i vitenarkiv
  • Wilson, Robert; Perroud, Pierre-Francois; Johansen, Wenche; Liang, Zhe; Belova, Tatiana & Lorentzen, Marit [Vis alle 14 forfattere av denne artikkelen] (2010). Was the transmembrane-anchored DEK1 calpain key to the development of differentiated multicellular land plants? Fulltekst i vitenarkiv
  • Dittami, Simon; Riisberg, Ingvild; John, Uwe; Orr, Russell; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Jakobsen, Kjetill Sigurd [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2010). Analysis of expressed sequence tags from the ichtyotoxic dictyochophyte Pseudochattonella farcimen. Fulltekst i vitenarkiv
  • Bråte, Jon; Krabberød, Anders Kristian; Dolven, Jane Karine Lønne; Ose, Randi Frida; Kristensen, Tom & Bjørklund, Kjell Rasmus [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2010). Diversity of unculturable Radiolaria and their symbionts revealed by 18S rDNA phylogeny. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran (2009). Bioportal Bioinformatics Service. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran (2008). Phylogenomic analyses of the Tree Of Life, with focus on Telonemia. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran (2008). Cross-colonisation of marine and freshwater in Telonemia, cryptomonads and Perkinsea. Fulltekst i vitenarkiv
  • Patil, Vishwanath; Bråte, Jon; Klaveness, Dag; Kluge, Ragnhild; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Gislerød, Hans Ragnar [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2008). Molecular phylogeny of Hydrurus, a fresh water chrysophyte rich in lipids. Fulltekst i vitenarkiv
  • Minge, Marianne Aastebøl; Silberman, Jeffrey; Orr, Russell; Cavalier-Smith, Thomas; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Burki, Fabien [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2008). Breviata anathema - an unusual Amoebozoa. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran; Minge, Marianne Aastebøl; Espelund, Mari; Orr, Russell; Ruden, Torgeir A. & Jakobsen, Kjetill Sigurd [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2008). The Choanozoan Ministeria vibrans: Multigene Phylogeny and the Origin of Animals. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran (2008). Telonemia - origin and diversity. Fulltekst i vitenarkiv
  • Minge, Marianne Aastebøl; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Jakobsen, Kjetill Sigurd (2008). Chimeric proteomes: The plastid evolution of the green dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran (2008). Ein portal å rekna med. [Journal]. Uniforum, UiO. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran (2008). Dyrenes opprinnelse. [Internet]. Forskning.no. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran (2007). Livets tre har mistet en gren. [Journal]. Apollon. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran (2007). Brukarforum for bioinformatikk på Blindern. [Journal]. IT-avisa, UiO. Fulltekst i vitenarkiv
  • Stensrud, Øyvind; Schumacher, Trond; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Svegården, Ingeborg Bjorvand & Kauserud, Håvard (2006). Accelerated evolution and profound AT bias among lineages of the medicinal fungus Cordyceps sinensis. Fulltekst i vitenarkiv
  • Shalchian-Tabrizi, Kamran (2006). Norske forskere finner ny livsform. [Internet]. Forsknin.no. Fulltekst i vitenarkiv
  • Liang, Zhe; Olsen, Odd-Arne; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Wilson, Robert & Johansen, Wenche (2012). The DEK1 protein evolved from an ancient form of membrane bound calpain and is highly conserved in land plants. Norwegian University of Life Sciences. ISSN 9788257510831. Fulltekst i vitenarkiv

Se alle arbeider i NVA

Publisert 3. nov. 2010 15:32 - Sist endret 8. mai 2025 11:52