Geir Kjetil Sandve

Jeg er postdoc ved gruppe for Biomedisinsk Informatikk (BMI) ved Institutt for informatikk (IFI), Universitetet i Oslo (UiO).

Jeg forsker på statistisk og algoritmisk metodikk for stor-skala analyse av genomiske data. Som del av dette har jeg vært sentral utvikler av The Genomic HyperBrowser, som er et web-basert system med åpen kildekode for genomanalyse, publisert i 2010. Ambisjonene er å etablere oss som en sentral internasjonal aktør innen analyse av genomer.

Både min nåværende og tidligere forskning er mer utførlig beskrevet i den engelske versjonen av sida. I tillegg til forskning har jeg også gjennom årene vært mye engasjert i undervisning og veiledning.

Masteroppgaver

Som nevnt over, er jeg del av en offensiv satsing på å utvikle et internasjonalt rettet programvaresystem for genomanalyse, der både utvikling av ny metodikk og programmering i Python er sentralt. I forbindelse med dette er det mange spennende og varierte muligheter for masteroppgaver. Jeg prøver å legge opp til et mest mulig lærerikt miljø, der man kan være del av en passelig stor gruppe studenter som jobber med hver sine, men likevel relaterte, oppgaver. Man kan da diskutere felles problemstillinger, tipse hverandre om tekniske finurligheter, dele en kaffekopp på morgenen, løse verdensproblemer sammen og ikke minst motivere hverandre når ting står på som verst. Jeg har de siste to årene hatt 5 studenter som har skrevet masteroppgaver samtidig, og jeg synes disse har dannet et veldig bra sosialt og faglig miljø.

Jeg tilbyr for tiden 5 masteroppgaver, hvor også Eivind Hovig, Torbjørn Rognes, Knut Liestøl, Ole Christian Lingjærde og Anja Kristoffersen er medveiledere.

Ledige masteroppgaver:

Visualization to support advanced analysis of genomic data

Algorithms for large-scale analysis of genomic data

Contributing to large open-source software libraries

Using probabilistic graphical model for genomic data mining

Creating a highly dynamic benchmarking system

Nåværende og tidligere masterstudenter

Jeg er for tiden veileder for fem masterstudenter ved IFI, som alle har startet høsten 2011:

Fredrik Haaland: Using machine learning to make sense of our genome

Knut  Dagestad Rand: Learning game theory from the immune system

Kristoffer Waløen: The bioinformatics of personal genomes

Tobias Gulbrandsen Waaler: Unfolding your DNA

Torkil Vederhus: Of mice and men 2

Jeg har tidligere vært hovedveileder for 12 masterstudenter, 7 ved NTNU og 5 ved UiO:

Eirik Mistereggen: "Compression of Short Read data sets"
Øyvind Øvergaard: "Controlling overhead in large Python programs"
Hiep Luong Nguyen: "A flexible clustering system for genome annotation tracks"
Eivind Gard Lund: "An Extensible Framework for Comparative Analysis of Annotations"
Jonathan Lunde Lillesæter: "Retroactively Parallelizing a Large Python System"
Kai Trengereid: "Development of a motif discovery tool"
Tarjei S Hveem: "Improving expressibility of simple motifs"
Vetle Valebjørg: "Discovery of approximate composite motifs in biological sequences"
Øystein Lekang: "Flexible Discovery of Modules with Distance Constraints"
Øyvind Bø Syrstad and Lars Eidsheim: "Maskinvare-aksellerert MEME"
Lars Krutådal: "Weighted Pattern Matching with PWMs on FPGAs"
Vegard Walseng: "Learning pattern models from examples"

Annen veiledning

Sammen med Eivind Hovig er jeg medveileder for Sveinung Gundersen som tar doktorgrad på analyse av genomiske data. Sammen med Torbjørn Rognes og flere er jeg med i veiledning for Ksenia Khelik

Undervisning

Når jeg har muligheten til å prioritere det, trives jeg veldig godt med undervisning. Jeg har vært fagansvarlig for IT fagdidaktikk og et tidligere kurs i bioinformatikk. Jeg har også gitt undervisning i to kurs i algoritmer (bl.a. TDT4120), samt flere kurs i bioinformatikk (TDT4287, INF4350, MBV3070). Jeg har tidligere koordinert studentassistenter, utviklet øvingsoppgaver, utviklet et websystem for håndtering av øvingsoppgaver, presentert og utviklet materiale for rekruttering av videregående-studenter til NTNU, utviklet og presentert materiale for å øke bevisstheten rundt matematikk og informatikk ved videregående skoler, undervist ved grunnskoler og vært medlem i programkomitéen for en konferanse om IT og utdanning (NKUL).