print logo

Geir Kjetil Sandve

Bilde av Geir Kjetil Sandve
English version of this page
Telefon +47-22840861
Mobiltelefon +47-93853050
Rom 10461
Brukernavn
Besøksadresse Department of Informatics Ole-Johan Dahls hus Gaustadalléen 23B 0373 Oslo
Postadresse Postboks 1080 Blindern 0316 OSLO
Andre tilknytninger Institutt for informatikk

Jeg er førsteamanuensis ved gruppe for Biomedisinsk Informatikk (BMI) ved Institutt for informatikk (IFI), Universitetet i Oslo (UiO).

Jeg forsker på statistisk og algoritmisk metodikk for stor-skala analyse av genomiske data. Som del av dette har jeg vært sentral utvikler av The Genomic HyperBrowser, som er et web-basert system med åpen kildekode for genomanalyse, publisert i 2010. Ambisjonene er å etablere oss som en sentral internasjonal aktør innen analyse av genomer.

Både min nåværende og tidligere forskning er mer utførlig beskrevet i den engelske versjonen av sida. I tillegg til forskning har jeg også gjennom årene vært mye engasjert i undervisning og veiledning.

Masteroppgaver

Som nevnt over, er jeg del av en offensiv satsing på å utvikle et internasjonalt rettet programvaresystem for genomanalyse, der både utvikling av ny metodikk og programmering i Python er sentralt. I forbindelse med dette er det mange spennende og varierte muligheter for masteroppgaver. Jeg prøver å legge opp til et mest mulig lærerikt miljø, der man kan være del av en passelig stor gruppe studenter som jobber med hver sine, men likevel relaterte, oppgaver. Man kan da diskutere felles problemstillinger, tipse hverandre om tekniske finurligheter, dele en kaffekopp på morgenen, løse verdensproblemer sammen og ikke minst motivere hverandre når ting står på som verst. Jeg har de siste to årene hatt 5 studenter som har skrevet masteroppgaver samtidig, og jeg synes disse har dannet et veldig bra sosialt og faglig miljø.

Jeg tilbyr for tiden åpen for veiledning, og har flere ledige masteroppgaver, hvor også Eivind Hovig, Torbjørn Rognes, Knut Liestøl, Ole Christian Lingjærde og Anja Kristoffersen er medveiledere.

En liste over mine tidligere studenter, og oppgavene de har skrevet, ligger på den engelske versjonen av denne sida.

Annen veiledning

Sammen med Eivind Hovig er jeg medveileder for Sveinung Gundersen som tar doktorgrad på analyse av genomiske data. Sammen med Torbjørn Rognes og flere er jeg med i veiledning for Ksenia Khelik

Undervisning

Jeg har vært fagansvarlig for IT fagdidaktikk og et tidligere kurs i bioinformatikk. Jeg har også gitt undervisning i to kurs i algoritmer (bl.a. TDT4120), samt flere kurs i bioinformatikk (TDT4287, INF4350, MBV3070). Jeg har tidligere koordinert studentassistenter, utviklet øvingsoppgaver, utviklet et websystem for håndtering av øvingsoppgaver, presentert og utviklet materiale for rekruttering av videregående-studenter til NTNU, utviklet og presentert materiale for å øke bevisstheten rundt matematikk og informatikk ved videregående skoler, undervist ved grunnskoler og vært medlem i programkomitéen for en konferanse om IT og utdanning (NKUL).

Emneord: Genomanalyse, bioinformatikk, algoritmer, programmering, python, masteroppgave

Publikasjoner

  • Disanto, Giulio; Sandve, Geir Kjetil; Ricigliano, Vito AG; Pakpoor, Julia; Berlanga-Taylor, Antonio; Handel, Adam E; Kuhle, Jens; Holden, Lars; Watson, Corey T; Giovannoni, Gavin; Handunnetthi, Lahiru & Ramagopalan, Sreeram V (2014). DNase hypersensitive sites and association with multiple sclerosisxs. Human Molecular Genetics.  ISSN 0964-6906.  23(4), s 942- 948 . doi: 10.1093/hmg/ddt489
  • Molyneux, Sam; Waterhouse, PD; Shelton, Dawne; Shao, Yang W; Watling, Christopher M; Tang, Qing-Lian; Harris, Isaac S; Dickson, Brendan C; Tharmapalan, Pirashaanthy; Sandve, Geir Kjetil F.; Zhang, Xiaoyang; Bailey, Swneke D; Berman, Hal; Wunder, Jay S; Iszvak, Zsuzsanna; Lupien, Mathieu; Mak, Tak W & Khokha, Rama (2014). Human somatic cell mutagenesis creates genetically tractable sarcomas. Nature Genetics.  ISSN 1061-4036. . doi: doi:10.1038/ng.3065
  • Paulsen, Jonas; Sandve, Geir Kjetil F.; Gundersen, Sveinung; Lien, Tonje Gulbrandsen; Trengereid, Kai & Hovig, Johannes Eivind (2014). HiBrowse: Multi-purpose statistical analysis of genome-wide chromatin 3D organization. Bioinformatics.  ISSN 1367-4803.  30(11), s 1620- 1622 . doi: 10.1093/bioinformatics/btu082
  • Rye, Morten Beck; Sandve, Geir Kjetil F.; Daub, Carsten O; Kawaji, H; Carninci, P; Forrest, A & Drabløs, Finn (2014). Chromatin states reveal functional associations for globally defined transcription start sites in four human cell lines. BMC Genomics.  ISSN 1471-2164.  15(1) . doi: 10.1186/1471-2164-15-120
  • Handel, Adam E; Sandve, Geir Kjetil; Disanto, Giulio; Berlanga-Taylor, Antonio; Gallone, Anna; Hanwell, Heather EC; Drabløs, Finn; Giovannoni, Gavin; Ebers, Georg C & Ramagopalan, Sreeram V (2013). Vitamin D receptor ChIP-seq in primary CD4+ cells: relationship to serum 25-hydroxyvitamin D levels and autoimmune disease. BMC Medicine.  ISSN 1741-7015.  11(163) . doi: 10.1186/1741-7015-11-163
  • Handel, Adam E; Sandve, Geir Kjetil; Disanto, Giulio; Handunnetthi, Lahiru; Giovannoni, Gavin & Ramagopalan, Sreeram V (2013). Integrating multiple oestrogen receptor alpha ChIP studies: overlap with disease susceptibility regions, DNase I hypersensitivity peaks and gene expression. BMC Medical Genomics.  ISSN 1755-8794.  6:45 . doi: 10.1186/1755-8794-6-45
  • Paulsen, Jonas; Lien, Tonje Gulbrandsen; Sandve, Geir Kjetil; Holden, Lars; Borgan, Ørnulf; Glad, Ingrid Kristine & Hovig, Johannes Eivind (2013). Handling realistic assumptions in hypothesis testing of 3D co-localization of genomic elements. Nucleic Acids Research.  ISSN 0305-1048.  41(10), s 5164- 5174 . doi: 10.1093/nar/gkt227
  • Sandve, Geir Kjetil; Gundersen, Sveinung; Johansen, Morten; Glad, Ingrid Kristine; Gunathasan, Krishanthi; Holden, Lars; Holden, Marit; Liestøl, Knut; Nygård, Ståle; Nygaard, Vegard; Paulsen, Jonas; Rydbeck, Halfdan; Trengereid, Kai; Clancy, Trevor; Drabløs, Finn; Ferkingstad, Egil; Kalaš, Matúš; Lien, Tonje Gulbrandsen; Rye, Morten Beck; Frigessi, Arnoldo & Hovig, Johannes Eivind (2013). The Genomic HyperBrowser: an analysis web server for genome-scale data. Nucleic Acids Research.  ISSN 0305-1048.  41(W1), s W133- W141 . doi: 10.1093/nar/gkt342
  • Bruhn, Sören; Barrenäs, Fredrik; Mobini, R; Andersson, B; Chavali, S.; Egan, B. S.; Hovig, Eivind; Sandve, Geir Kjetil; Langston, M. A.; Rogers, Gary; Wang, H. & Benson, Mikael (2012). Increased expression of IRF4 and ETS1 in CD4(+) cells from patients with intermittent allergic rhinitis. Allergy. European Journal of Allergy and Clinical Immunology.  ISSN 0105-4538.  67(1), s 33- 40 . doi: 10.1111/j.1398-9995.2011.02707.x
  • Disanto, Giulio; Sandve, Geir Kjetil; Berlanga-Taylor, Antonio; Morahan, Julia; Dobson, Ruth; Giovannoni, Gavin & Ramagopalan, Sreeram V (2012). Genomic Regions Associated with Multiple Sclerosis Are Active in B Cells. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203.  7(3) . doi: 10.1371/journal.pone.0032281
  • Disanto, Giulio; Sandve, Geir Kjetil; Berlanga-Taylor, Antonio; Ragnedda, Giammario; Morahan, Julia; Watson, Corey T; Giovannoni, Gavin; Ebers, Georg C & Ramagopalan, Sreeram V (2012). Vitamin D receptor binding, chromatin states and association with multiple sclerosis. Human Molecular Genetics.  ISSN 0964-6906.  21(16), s 3575- 3586 . doi: 10.1093/hmg/dds189
  • Watson, Corey T; Disanto, Giulio; Sandve, Geir Kjetil; Breden, Felix; Giovannoni, Gavin & Ramagopalan, Sreeram V (2012). Age-Associated Hyper-Methylated Regions in the Human Brain Overlap with Bivalent Chromatin Domains. PLoS ONE.  ISSN 1932-6203.  7(9) . doi: 10.1371/journal.pone.0043840
  • Gundersen, Sveinung; Kalaš, Matúš; Abul, Osman; Frigessi, Arnoldo; Hovig, Eivind & Sandve, Geir Kjetil (2011). Identifying elemental genomic track types and representing them uniformly . BMC Bioinformatics.  ISSN 1471-2105.  12 . doi: 10.1186/1471-2105-12-494
  • Sandve, Geir Kjetil Ferkingstad; Ferkingstad, Egil & Nygård, Ståle (2011). Sequential Monte Carlo multiple testing. Bioinformatics.  ISSN 1367-4803.  27(23), s 3235- 3241 . doi: 10.1093/bioinformatics/btr568
  • Sandve, Geir Kjetil; Gundersen, Sveinung; Rydbeck, Halfdan; Glad, Ingrid Kristine; Holden, Lars; Holden, Marit; Liestøl, Knut; Clancy, Trevor; Drabløs, Finn; Ferkingstad, Egil; Johansen, Morten; Nygaard, Vegard; Tøstesen, Eivind; Frigessi, Arnoldo & Hovig, Eivind (2011). The differential disease regulome. BMC Genomics.  ISSN 1471-2164.  12, s 353 . doi: 10.1186/1471-2164-12-353
  • Sandve, Geir Kjetil; Gundersen, Sveinung; Rydbeck, Halfdan; Glad, Ingrid Kristine; Holden, Lars; Holden, Marit; Liestøl, Knut; Clancy, Trevor; Ferkingstad, Egil; Johansen, Morten; Nygaard, Vegard; Tøstesen, Eivind; Frigessi, Arnoldo & Hovig, Eivind (2010). The Genomic HyperBrowser: inferential genomics at the sequence level . Genome Biology.  ISSN 1465-6914.  11(12) . doi: 10.1186/gb-2010-11-12-r121
  • Tøstesen, Eivind; Sandve, Geir Kjetil; Liu, Fang & Hovig, Eivind (2009). Segmentation of DNA sequences into twostate regions and melting fork regions . Journal of Physics: Condensed Matter.  ISSN 0953-8984.  21(3) . doi: 10.1088/0953-8984/21/3/034109
  • Abul, Osman; Sandve, Geir Kjetil & Drabløs, Finn (2008). TScan: A two-step de novo motif discovery method. Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology.  ISSN 1751-6404.  8, s 19
  • Klepper, Kjetil; Sandve, Geir Kjetil; Abul, Osman; Johansen, Jostein & Drabløs, Finn (2008). Assessment of composite motif discovery methods. BMC Bioinformatics.  ISSN 1471-2105.  9(123) . doi: 10.1186/1471-2105-9-123
  • Lin, Tien-ho; Ray, Pradipta; Sandve, Geir Kjetil; Uguroglu, Selen & Xing, Eric P. (2008). BayCis: A Bayesian Hierarchical HMM for Cis-Regulatory Module Decoding in Metazoan Genomes. Lecture Notes in Computer Science.  ISSN 0302-9743.  4955, s 66- 81 . doi: 10.1007/978-3-540-78839-3_7
  • Sandve, Geir Kjetil; Abul, Osman & Drabløs, Finn (2008). Compo: composite motif discovery using discrete models . BMC Bioinformatics.  ISSN 1471-2105.  9(527) . doi: 10.1186/1471-2105-9-527
  • Sandve, Geir Kjetil; Abul, Osman & Drabløs, Finn (2008). Compo: composite motif discovery using discrete models. BMC Bioinformatics.  ISSN 1471-2105.  9, s 527 . doi: 10.1186/1471-2105-9-527
  • Abul, Osman; Sandve, Geir Kjetil & Drabløs, Finn (2007). False Discovery Rates in Identifying Functional DNA Motifs, In Jack Y. Yang (ed.),  Proceedings of the 7th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering.  IEEE Computer Society.  ISBN 978-1-4244-1509-0.  False Discovery Rates in Identifying Functional DNA Motifs.  s 387 - 394
  • Sandve, Geir Kjetil; Abul, Osman; Walseng, Vegard & Drabløs, Finn (2007). Improved benchmarks for computational motif discovery. BMC Bioinformatics.  ISSN 1471-2105.  8(193) . doi: 10.1186/1471-2105-8-193
  • Abul, Osman; Sandve, Geir Kjetil & Drabløs, Finn (2006). A Methodology for Motif Discovery Employing Iterated Cluster Re-assignment. Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology.  ISSN 1751-6404.  4, s 257- 268
  • Sandve, Geir Kjetil & Drabløs, Finn (2006). A survey of motif discovery methods in an integrated framework. Biology Direct.  ISSN 1745-6150.  1 . doi: 10.1186/1745-6150-1-11
  • Sandve, Geir Kjetil; Nedland, Magnar; Bø Syrstad, Øyvind; Eidsheim, Lars Andreas; Abul, Osman & Drabløs, Finn (2006). Accelerating Motif Discovery: Motif Matching on Parallel Hardware. Lecture Notes in Computer Science.  ISSN 0302-9743.  4175, s 197- 206
  • Sandve, Geir Kjetil & Drabløs, Finn (2005). Generalized Composite Motif Discovery. Lecture Notes in Computer Science.  ISSN 0302-9743.  3683, s 763 . doi: 10.1007/11553939

Se alle arbeider i Cristin

  • Ferkingstad, Egil; Holden, Lars & Sandve, Geir Kjetil (2013). Monte Carlo null models for genomic data.
  • Ferkingstad, Egil; Holden, Lars & Sandve, Geir Kjetil (2013). Monte Carlo null models in ecology .
  • Sandve, Geir Kjetil; Nekrutenko, Anton; Taylor, James & Hovig, Johannes Eivind (2013). Ten Simple Rules for Reproducible Computational Research. PloS Computational Biology.  ISSN 1553-734X.  9(10) . doi: 10.1371/journal.pcbi.1003285
  • Sandve, Geir Kjetil (2008). Potentials and limitations of motif-based binding site prediction in DNA.
  • Sandve, Geir Kjetil; Abul, Osman; Walseng, Vegard & Drabløs, Finn (2007). Improved benchmarks for computational motif discovery.
  • Abul, Osman; Sandve, Geir Kjetil & Drabløs, Finn (2006). A Methodology for Motif Discovery Employing Iterated Cluster Re-assignment.
  • Sandve, Geir Kjetil (2006). Accelerating Motif Discovery: Motif Matching on Parallel Hardware.
  • Abul, Osman; Sandve, Geir Kjetil & Drabløs, Finn (2006). False discovery rates in identifying functional DNA motifs.
  • Abul, Osman; Sandve, Geir Kjetil & Drabløs, Finn (2006). TScan: A two-step de novo motif discovery method.
  • Sandve, Geir Kjetil; Nedland, Magnar; Bø Syrstad, Øyvind; Eidsheim, Lars Andreas; Abul, Osman & Drabløs, Finn (2006). Accelerating motif discovery: motif matching on parallel hardware.
  • Sandve, Geir Kjetil; Stenersen, Kristoffer; Walseng, Vegard; Lekang, Øystein; Klepper, Kjetil; Abul, Osman; Hveem, Tarjei S; Bratlie, Marit Skyrud & Drabløs, Finn (2006). An integrated approach to motif discovery in DNA sequences.
  • Sandve, Geir Kjetil & Drabløs, Finn (2005). Generalized Composite Motif Discovery.

Se alle arbeider i Cristin

Publisert 4. nov. 2010 14:16 - Sist endret 18. okt. 2013 10:13