Programmering? Dette var det siste jeg assosierte med biologi da jeg for 2 år siden søkte meg inn på Biovitenskapsstudiet på UiO. Lite visste jeg da, hvor viktig dette kom til å bli for studiet videre. Vi ble tidlig introdusert til programmeringsverktøyet Python gjennom et obligatorisk emne på studiet. Jeg må ærlig innrømme at jeg forstod svært lite de første ukene. Selv etter fullført eksamen var jeg fortsatt skeptisk til hvor relatertbart det var for biologistudiet og eventuelt i jobbsammenheng senere.
Hva skjedde?
Spoler vi 2 år frem i tid, sitter jeg foran pc-en og skriver søknaden til en arbeidspraksis innen bioinformatikk hos eDNA Solutions. Så hva endret seg i løpet av de to årene? Lengre inn i studiet ble jeg oppfordret til å se sammenhengen mellom biologi og informatikk med nye øyne, gjennom emner der programmering naturlig ble flettet inn. Det ble mer innlysende hvordan programmering utfyller de ulike delene av biologien som ellers hadde vært umulig, eller som ville ha tatt altfor mye tid og krefter å gjennomføre.
Framtidens mest ettertraktede verktøy
Programmering er et viktig verktøy som benyttes i de fleste fagfelt. I biologien benyttes det ofte til å tolke og analysere store mengder med data, slik at resultater mer effektivt kan bli tilgjengelige for videre bruk. Se for eksempel for deg gener hos mennesker. Det består av fire ulike baser (for enkelthetens skyld kan vi se på disse basene som fire ulike bokstaver som bygger opp genene våre) og deres rekkefølge forteller oss noe om genets egenskap. Et menneskegen kan inneholde opp til millioner av baser. Det er derfor tidskrevende å sammenlikne ulike gener med hverandre. Med programmering kan vi bygge programmer som gjør slikt arbeid for oss i løpet av få sekunder. I dette tilfellet kan vi mate programmet med baserekkefølgen til ulike gener og den vil gi oss mer nøyaktige detaljer om ulikheten og likheten mellom disse genene. Dette arbeidet ville vært umulig uten informatikkdelen.
Når det kommer til programmering finnes det ingen grenser, det er utrolig hva den er i stand til å gjøre, der bare fantasien vår setter grensen. Dette er bare ett av mange eksempler på hva det kan benyttes til i biologien. Programmering er derfor et verktøy som stadig blir mer relevant og er en essensiell faktor som er med på å bestemme hvordan biologien og bruken av det utvikler seg videre.
Informatikk er dessuten en verdifull kunnskap å ha, og som fremtidige arbeidsgivere vil sette pris på, det er det ingen tvil om. Derfor fant jeg denne arbeidspraksisen svært passende for meg som vil utvikle erfaringen min innenfor bioinformatikk og samtidig anskaffe meg relevant arbeidserfaring når det kommer til biologi i praksis.
Brukervennlig DNA-analyse
eDNA Solutions er en bioteknologisk bedrift, som er i prosessen med å utvikle en nettside som kan analysere store datasett med miljø-DNA (DNA fra organismer i miljøet). Målet er å utvikle et enkelt og brukervennlig program som flere kan benytte, selv de som ikke er fagkjente, slik at resultatene kan bli brukt med et mål om å bevare og beskytte mangfoldet vårt.
Bak en slik nettside ligger det mye arbeid, alt fra programmering til molekylærbiologiske metoder. Det er dette jeg skal få lov til å lære mer om og jobbe med hos eDNA solutions. Jeg ser frem til å få brukt kunnskap tilegnet fra disse to siste årene på bachelorgraden og utforske biologien fra et annerledes perspektiv enn skolebenken.
