Beta-oksidasjon - Fettsyrer blir frigitt når esterbindingen mellom fettsyre og glycerol i fettet spaltes av enzymet lipase. Fettsyrene er sterkt redusert, noe som betyr at de inneholder mye energi. Fettsyrene kan nedbrytes til mindre enheter ved β-oksidasjon. Avspalting av to karbonatomer som acetyl og binding til CoA gir en tiooester (acetyl-CoA) som gir mer fri energi ved hydrolyse enn om det hadde skjedd i form av en oksygenester.
fettsyre (Cn)-acyl-CoA + FAD + NAD+ + CoA + H2O ⇒ fettsyre (Cn-2)-acyl-CoA + FADH2 + NADH + H+ + acetyl-CoA.
Frie fettsyrer går inn i glyoksysomene ved spiring av fettfrø, og her spaltes det av fragmenter med to og to karbonatomer som acetyl-CoA via -oksidasjonen. Fettsyren omdannes først til fettacyl-CoA katalysert av en acyl-CoA syntetase. Deretter oksideres acyl-CoA av en acyl-CoA oksidase som gir hydrogenperoksid som biprodukt. Hydrogenperoksid avgiftes imidlertid effektivt av katalase i glyoksysomene. Det oksiderte CoA-fettsyrekomplekset hydrolyseres og oksideres av en dehydrogenase i et bifunksjonelt enzym og lager NADH. Deretter avspaltes acetyl-CoA og det hektes på en ny CoA av en thiolase og derved er fettsyren klar for ny runde i 9- dobbeltbinding. For å unngå dette problemet dette skaper når man kommer til dobbeltbindingen i nedbrytningen er det cis-trans-enoyl-CoA isomeraseaktivitet i det bifunksjonelle enzymet. Hvis fettsyren har odde antall karboner blir endeproduktet propionyl-CoA. Noe av acetyl-CoA reagerer med oksaleddiksyre (oksaloacetat) fraktet inn fra mitokondriene og danner sitronsyre (citrat) som igjen omdannes til isocitrat (katalysert av isocitrat lyase) og videre til succinat og glyoksylat (katalysert av malat syntase). Glyoksylat kan reagere med en ny acetyl-CoA og gi malat. Denne biosynteseveien kalles glykosylatsyklus hvor fett kan omdannes til sukker. Malat (eplesyre) fraktes ut av glyoksysomene til cytosol hvor den oksideres til oksaleddiksyre (katalysert av malat dehydrogenase). Oksaleddiksyre dekarboksyleres til fosfoenolpyruvat (katalysert av fosfoenolpyruvat karboksykinase). Fosfoenolpyruvat omdannes til glukose i en reversering av glykolysen kalt glukoneogenese. bb- oksidasjonen, men fettsyren er nå to karbonatomer kortere. Mange fettsyrer hos plantene er cis-umettet .