PCR

PCR (eng. polymerase chain reaction) - En metode for oppformering (amplifisering) av små mengder DNA. Metoden kan brukes til å lage millioner med identiske kopier av et stykke med DNA. Metoden fra 1985 er opprinnelig basert på det varmestabile enzymet Taq DNA polymerase isolert fra den termofile (varmeelskende) bakterien Thermus aquaticus. Dobbelttrådet DNA som skal oppformeres varmes opp til ca. 94-98oC sammen med de fire deoksynukleotidene dATP, dCTP, dGTP og dTTP (også kalt med samlenavnet dNTP), DNA-primere, DNA polymerase og magnesium (Mg2+). Alle løsningene er pippetert med automatpipette opp i PCR-rør av plastikk. DNA denatureres ved den høye temperaturen slik at enkelttrådene skiller lag. Temperaturen senkes deretter til ca. 40 - 65 oC slik at enkelttrådene kan reagere og feste seg til korte DNA stykker på ca. 20 baser (primere) som er komplementære til sekvensen på den tråden som skal oppformeres. Lengden er primerne gjør dem spesifikke slik at omtrent bare DNA som inneholder disse primersekvensene oppformes. Temperaturen heves til 72 oC og Taq polymerase deretter replikerer DNA fra 3´-OH-enden av primere, og derved har man fått to nye like DNA tråder fra den ene man startet fra. DNA polymerase lager DNA bare i 5´ til 3´retning. Prosessen gjentas og gjentas med fordobling av DNA for hver syklus inntil man har fått oppformert nok DNA til det formålet det skal brukes. Til å styre temperaturprogrmmet brukes en PCR termosykler (PCR-maskin), ofte basert på bruk av Peltier-elementer. Termosykleren har en varmeblokk som kan programmeres til det temperaturprogram, inkubasjonstid og antall sykluser man ønsker å bruke. Et alternativ er 3 vannbad, en stoppeklokke og manuell overføring. DNA stykkene som oppformeres får fra 3. syklus akkurat samme lengde avgrenset i begge ender av området som er komplementære til primerne. Alle de nye DNA som lages virker som templat for nye DNA, slik at økningen vil bli eksponensiell. Antall DNA-stykker dobbles i hver syklus (2 n, hvor n er antall sykluser). Den høye temperaturen som er nødvendig for å atskille de to DNA-trådene ville også ha denaturert en vanlig DNA polymerase, dvs. man måtte ha tilsatt ny DNA polymerase etter hver syklus. Derfor kreves det et varmestabilt enzym, et enzym som beholder den katalyttiske aktiviteten selv om temperaturen er opptil 98 oC. Det er bare små mengder DNA som trengs som utgangsmateriale, i størrelsesorden nanogram som blir oppformert til mikrogrammengder, og man trenger heller ikke på forhånd å vite den ukjente sekvensen i DNA. Imidlertid må man kjenne til sekvensene på hver side av det DNA som skal oppformeres for å kunne lage primere som er komplementære til disse flankesekvensene. Lengden på primerne som brukes i par er vanligvis 15-20 basepar. Problemet med ukjente sekvenser på flankene forsvinner hvis man bruker fremmed DNA innsatt i en vektor. PCR kan også brukes til å identifisere organismer eller personer ut fra svært lite biologisk materiale. Den kraftige formeringsprosessen gjør at metoden er følsom for forurensninger med annen type DNA enn den som skal oppformeres, og stiller de største krav til renslighet.

PCR

PCR er blitt kalt biologenes "kjernereaksjon" og er en revolusjonerende teknikk for utvikling av molekylærbiologien. Den brukes i biologiske laboratorier verden over. Bruksområdene er mange: Identifisering av planter, dyr, mikroorganismer og virus; undersøkelse av genetiske sykdommer og kreft; DNA-fingerprinting i oppklaring av forbrytelser; studier av DNA i fossilt materiale; laging av nukleinsyreprober; og generell bruk i kloningsstudier. Produktene fra PCR kan atskilles ved kromatografering på agarosegel tilsatt ethidiumbromid slik at DNA kan observeres under UV-lys. Arbeidet må utføres forsiktig siden ethidiumbromid virker mutagent og representerer helsefare. DNA-bånd med produktene kan kuttes ut og ekstraheres fra gelen. Enkelttrådet DNA kan brukes til sekvensering (bestemmelse av rekkefølgen av baser) etter Sangers dideoksymetode Alle kjemikalier som trengs for å utføre PCR kan kjøpes ferdig i "kits". DNA polymerase trenger magnesium (Mg2+) og konsentrasjonen av magnesium er en av de mange faktorene som kan påvirke resultatet i PCR. Gelatin eller bovint serum albumin kan tilsettes reaksjonsblandingen for å stabilisere DNA polymerase.Taq polymerase kan sette inn feil baser på enkelte steder. Varmestabil DNA polymerase er også blitt isolert fra Thermus litoralis og Thermus brockianus. Det er utviklet en rekke former for PCR-teknikker som revers transkriptase PCR (RT-PCR) og invers PCR.

Publisert 4. feb. 2011 10:40