I tillegg til den vanlige karyotypen kan noen dyr, sopp og planter inneholde ekstra B-kromosomer. B-kromosomene er ikke livsnødvendige, og kan mangle hos de fleste av individene i en populasjon, men hos noen kan de finnes i antall 1 , 2 og 3 B-kromosomer. B-kromosomene har forskjellige fra A-kromosomene både i struktur og gensekvens. I et egg havner halvparten av kromosomene i et polarlegeme, men ikke B-kromosomene som blir med som en form for parasittkromosomer som kan akkumulere i antall i et avkom.
Man antar at de ekstra B-kromosomene representerer en form for genetisk polymorfi. B-kromosomene inneholder bare heterokromatin og er vanligvis ikke-kodende.