Cis-virkende sekvenser er DNA-sekvenser som kan binde transkripsjonsfaktorer og ligger i tilknytning til genet som blir transkribert, altså i cis-posisjon. Ikke forveksl med cis-elementer.
Cis-elementer er deler av nukleotidsekvensen i mRNA som regulerer stabiliteten til mRNA. Ikke forveksl med cis-virkende elementer.