Enkeltbase polymorfi

Enkeltnukleotid polymorfi. Snips (SNP -" single-nucleotide polymorphism"). Endring i en enkelt base i DNA lokalisert til en bestemt posisjon i genomet. Enkeltbase polymorfien må forekomme i minst 1% av populasjonen. Enkeltbasepolymorfier kan forklare genetiske forskjeller mellom individer i en populasjon som påvirker fenotypen. Noen SNP vil ikke påvirke aminosyresekvensen i proteinet som genet koder for, mens andre polymorfier kan resultere i endret aminosyresekvens. Effekten er avhengig om snips finnes i deler av sekvensen som koder for transkripsjonsfaktorer, skjøting av gener, eller mRNA-stabilitet, eller om den er lokalisert til ikke-kodende sekvenser. I en populasjon er det mange snips.

I genomvide assosiasjonsstudier (GWAS- ”genome-wide association studies”) undersøker man genetiske varianter via helgenomsekvensering av flere individer hentet tilfeldig ut fra en populasjon. Det er mange variasjoner i genomet hos to individer av samme art. Formålet er å undersøke om det er sammenheng mellom enkeltbasepolymorfier (snips) og spesielle fenotyper. En slik assosiasjon kan bli vist grafisk i en Manhattan-plot , et punktskyplot hvor x-aksen viser hvor snipsene er lokalisert, for eksempel alle n kromosomene fra 1 til n, hvor hver snips angis med et punkt eller prikk, og på y-aksen har man assosiasjonsnivået uttrykt som den negative logaritmen til assosiasjonens p-verdi for hver enkeltbasepolymorfi. Hos mennesket forsøker man å identifisere kobling mellom sykdommer og enkeltbasepolymorfier. Basert på observasjonsstudier sammenligner man gensekvensen hos en gruppe kontrollindivider og sammenligner den med flere individer som har en spesiell egenskap eller fenotype. Størst assosiasjon har minst p-verdi , og derfor gir den negative logaritmen størst verdi, slik at man får topper som ligner Manhattan sky-line.

Publisert 5. apr. 2017 15:45 - Sist endret 6. apr. 2017 15:12