Gruppeseleksjonsteorien har blitt utsatt for mye kritikk blant annet av evolusjonsbiologene John Maynard Smith, George C. William, W. D. Hamilton og Richard Dawkins som sier naturlig seleksjon virker på gennivå. Blant annet gjengitt i boka Adaptation and natural selection (1966). De amerikanske evolusjonsbiologen David Sloan Wilson og Elliot Sober formulerte en alternativ multinivå seleksjonsmodell hvor naturlig seleksjon virker på flere nivåer: gen, celle, individ, mellom individer, innen og mellom grupper, mellom populasjoner og mellom økosystemer blant annet mikrobiomer. Religion kan være en gruppenivåseleksjon.
Et av alternativene til gruppeseleksjon er slektskapsseleksjon.
Litteratur
O'Gorman, R.; Wilson DS; Sheldon KM: For the good of the group? Exploring group-level evolutionary adaptations using multilevel selection theory. Group Dynamics: Theory, Research, and Practice 12 (1) (2008)17–26. (10.1037/1089-2699.12.1.17)
Wilson DS & Wilson EO): Evolution 'for the good of the group. American Scientist. 96 (5) (2008 380–389. (10.1511/2008.74).