Arter i oppdrettsindustri er domestiserte og et resultat av kunstig seleksjon og avl, etter de samme prinsipper som husdyravl: god vekst og ønsket kjøtt- og fettfylde, lite utsatt for sykdom, godt gemytt og vise lite redesel og uønsket atferd. Rømninger av domestiserte arter fra oppdrettsanlegg kan blande seg genetisk med ville artsfrender. Fiskefôr inneholder mye proteiner som gir det giftige ekskresjonsproduktet ammonium utskilt i vannmassene. I tillegg gir ammonium økt nitrogentilførsel og oppblomstring av ablågrønnbakterier og alger. Overskudd av fiskefôr kan komme på avveie og blir spist av andre arter. Bekjempning av sykdomsfremkallende organismer i oppdrettsanleggene gir et seleksjonspress som fremmer resistens slik at pestisider og antibiotika ikke lenger er virksomme. Mange kystnære områder med oppdrettsanlegg kan gjennomgå økologisk kollaps hvis det ikke tas nødvendige miljøhensyn.
Ferskvannsarter i akvakultur
Oppdrett av ferskvannsfisk kan skje i dammer hvor det er utskifting av vannmassene.
Pangasius
Pangasius (Pangasius hypophthalmus) i orden maller (Siluriformes), familie haimaller (Pangasiidae) er bentopelagisk og lever i store elver i SØ-Asia , Mekong og thailandske Chao Phraya. Vietnam driver oppdrett av pangasius i Mekongdelta. Pangasius er omnivor hvor fisk, krepsdyr, ris og bananer inngår i fiskefôret.
Tilapia
Nil Tilapia \ nilmunnfurger (Oreochromis niloticus) i orden Cichliformes, familien cichlider (Cichlidae) fra Nord-Afrika (Viktoria-, Malawi- og Tanganyika-sjøen), Mellom-Amerika og S-Amerika, S-India. Omfatter ca. 1700 arter. Cichlider utviklet seg for mer enn 100 millioner år siden før disse kontinentene ble atskilt. Har sterk adaptiv radiasjon. Mange er endemiske. Tilapia anvendes mye i oppdrett i SØ-Asia. Mange arter tilapia blir brukt i fiskeoppdrett med mange varianter og hybrider. Har størrelsedimorfi hvor hannene vokser raskere enn hunnene. Har sosialt hierarki med territorier, seksuell konkurranse, reirbygging , parringsritual som gir produksjon av levedyktig avkom. Tilapia er herbivor og spiser i dagslys fytoplankton og alger og omnivor med zooplankton, detritus og insektlarvver på menyen. Det er også noe oppdrett av mosambik tilapia (Oreochromis mossambicus).
Saltvannsarter i akvakultur
Penaeusreker
Penaeidi reker (Penaeus monodon og Penaeus japonicus) i familie Penaeidae i dammer med tidevannsutskiftning av vannet. Oppdrett av reker har resultert i ødeleggelse av mangroveskog, sjøgrasenger, gir erosjon og blokkering avkanaler i estuarier, antibiotika. Agrokjemikalier bundet til sedimenter transportert ut i vannmassene. Tigerreke eller kongereker (Penaeus monodon) . Dette er ikke «scampi» som er en betegnelse på en sjøkreps.
Laksefisk (Salmoniformes)
Arbeider med saken......
Slam og hydrogensulfid
Avføring, detritus, fôrrester og slam fra fiskeoppdrettsanlegg vil hvis det ikke blir ført bort med vannstrømmer synke ned på bunnen. Bakterier omsetter og mineraliserer det organiske materialet i sedimentene. I cellerespirasjonen bruker bakteriene opp oksygen (O2) og det blir anaerobe forhold med anaerob respirasjon Blant annet blir sulfat blir brukt som elektronakseptor hos sulfatreduserende bakterier (dissimilativ sulfatreduksjon) og det blir dannet giftig hydrogensulfid (H2S) som kan komme opp som store luftbobler som under uheldige omstendigheter kan drepe fisk i mærene. Det kan også bli dannet metan. Rester av fiskefôr tiltrekker seg andre fiskearter.
Kobber som biocid i nøter
Selv om kobber er et mikronæringsstoff er det meget giftig i høye konsentrasjoner og blir brukt som biocid og impregneringsmiddel i nøtene i oppdrettsnæringen for å hindre begroing av muslinger, rur og alger. Imidlertid lekker ut kobber ut omgivelsene fra nøtene og fra notvaskerier hvor kobber virker som en miljøgift på bunnlevende dyr og blir tatt opp av fytoplankton og går videre inn i næringskjedene i havet. Tralopyril og Zinkpyrithion er mulige erstatningsmidler for kobber, men disse kan også ha skadelige miljøeffekter.
Zinkpyrithion (bis(2-pyridylthio)zink 1,1'-dioksid) har zink I et koordineringskompleks med zink (Zn2+) chelatert til svovel og oksygen og virker som et fungicid og baktericid, brukt som legemiddel mot flass, men inngår også som et biocid i begroingshindrende maling og tekstiler.
Tralopryil (4-bromo-2-(4-klorfenylnyl)-5-(trifluormetyl)-1H-pyrrol-3-karbonitril) eret biocid og et antibegroingsmiddel tilsatt maling brukt på skipsskrog oljerigger, boreplatformer og nøter i oppdrettsnæringen.