Alle mRNA på et gitt tidspunkt danner et transkriptom.
RNA-polymerase oversetter DNA-koden til en pretranskript, pre-mRNA, hos eukaryotene som via prosessering og skjøting (introner fjernes og eksoner skjøtes) danner modent mRNA. Prokaryt mRNA trenger ikke prosessering. Informasjonen i mRNA bestemmes av nukleotidsekvensen, organisert som tre og tre baser (kodoner). Hvert kodon koder for en aminosyre, og i tillegg er det startkodon og stoppkodon, som henholdsvis starter og stopper syntesen av et protein. Via ribosomalt RNA (rRNA) på ribosomene og transport-RNA (tRNA) translateres (oversettes) nukleotidsekvensen til protein. Hvert polypeptid (protein) som cellen lager krever sitt eget mRNA. 3´-enden på mRNA har en hale med adenin (poly-A hale) som hemmer degradering av mRNA og gir feste til ribosomene. I 5´-enden er det en 5´-cap med modifisert form av guanin. Også denne beskytter mRNA mot degradering og gir signal om at ribosomer kan festes her. mRNA hos eukaryoter er vanligvis monocitronisk og koder for bare en type protein, mens mRNA hos prokaryoter kan være polycistronisk med fler åpne leserammer.
Det var Jacque Monod og François Jacob som først mente at det måtte finnes et mRNA.
Små interferende RNA som regulerer genuttrykk
Små interferende RNA besteånde av omtrent 22 baser. kan regulere genuttrykk,Noen av de ikkekodende sekvensene i genomet blir transkribert til RNA som via hårnålsløkke danner dobbelttrådet RNA (dsRNA), og som videre blir prosessert til enkelttrådet mikro-RNA (miRNA) Mikro-RNA kan baseparre med mRNA i et RISC-slukningskompleks og hemme translasjon. Hos mennesket er det omtrent tusen forskjellige miRNA.
Små interferende RNA (siRNA) blir via dsRNA og DICER omdannet til siRNA. Når disse baseparrer med mRNA via slukningskomplekset fører dette til degradering av mRNA.
mRNA stabilitet
Levetiden til molekyler med mRNA kan være fra minutter, til timer og dager. Stabilisering og destabilisering av mRNA blir en viktig reguleringsfaktor i proteinsyntesen. mRNA stabiliteten påvirkes av utviklingsstadium for organismen, hormoner, og biotiske og abiotiske vekstfaktorer, inkludert stress. Hos bakterier er levetiden for mRNA bare noe få minutter.