Soppen gjør at plantenes unge røtter lever lenger og er mer resistent mot infeksjon av andre sopp og nematoder. Det er mange forskjellige mykorhiza-planterot assosiasjoner. Soppinvasjonen skjer lettest når planten vokser under suboptimale vekstbetingelser.
Endomykorrhiza (arbuskulær mykorrhiza) er symbiose mellom omtrent 2/3 av alle plantearter og jordlevende koplingsopp (Glomeromycota) og noen ascomyceter. Arbuskulær mykorrhiza omfatter ca. 240 arter (angiospermene) med utbredelse også i mer varme klimaområder. Endomykorrhiza utvikler seg på innsiden av epidermisceller gir krøllete finrøtter. Vanligvis ingen hyfeskjede Endomykorrhiza har sopphyfer som vokser inn i plantecellene i de ytterste cellelagene i rotcortex hvor de danner vesikler eller treaktive arbuskler. Arbuskler er den vanligste strukturen hvor det først skjer en invaginering planteplasmamembranen hvor sopphyfene trenger inn i rotcellene og sopphyfen greiner seg utover i cellen. Deltar i opptaket av fosfor, men hyfene brer seg ikke like langt ut fra rotsonen som hos ektomykorrhiza.
Plantene mottar mikronæring fra mykosymbionten, viktigst er fosfor, og soppen mottar i bytte organiske karbonforbindelser fra plantens fotosyntese. De tre sukkertransportørene plantene bruker til å overføre sukker til mykobioneten er sukrosetransportører (SUT1-4), monosakkaridtransportører (MST, med underfamiliene STP, TMT, PMT, VGT, pGlct/SGB1, ESL, og INT), samt SWEET-familien av sukkertransportører med uniporttransport over membraner langs en konsentrasjonsgradient.
Erikoid mykorrhiza
Erikoide mykorrhiza er en ektomykorrhiza i symbiose med finrøttene til arter lyngvamilien (Ericaceae) som vokser på sur jord. Mykobionten er sekksporesopp (ascomyceter) som deltar i opptaket av blant annet i fosfor i plantene og viktig i mobilisering av organisk i jordsmonnet. Finrøttene mangler rothår. Betraktes som en endomykorrhiza
Arbutoid mykorriza
Arbutoid mykorrhiza er symbiose mellom stilkesporesopp (basidiomyceter) og planter i vintergrønnfamilien (Pyrolaceae) og noen arter i lyngfamilien e.g. jordbærtreslekten Arubutus ogmelbærslekten (Arctostaphylos). Arbutoid mykorrhiza har likhetstrekk med ektomykorrhiza med Hartig-nett, men også med hyfer inne i rotbarkceller, altså en ektoendomykorrhiza.
Monotropoid mykorrhiza
Monotropoid mykorrhiza er en symbiose mellom ikke-fotosyntetiserende arter i familien vaniljerotfamilien (Monotropaceae) og stilksporesopp (basidiomyceter). Mykobionten overfører fotosynteseprodukter fra en fotosyntetiserende plante til en mykoheterotrof vaniljerot (Monotropa hypopitus) uten klorofyll. Mykobionten danner en hyfemantel og Hartig-nett, men har også hyfer som vokser inne i rotbarkcellene, en ektoendomykorrhiza.
Orkidémykorrhiza
Orkidémykorrhiza vertsspesifikke med og finnes hos arter orkidéfamilen (Orchidaceae) både med og uten klorofyll. Orkide mykorrhiza hos delvis eller helt aklorofyll (uten klorofyll) orkidéer og basiodiomyceter.Grønne orkideer har endomykorhiza som er saprofytter, mens aklorofyll orkideer danner ektomykorrhiza på autotrofe planter.