Flagellen hos eukaryoter er satt sammen av rør bestående av proteinet tubulin organisert, sett i tverrsnitt, som et mønster av ni mikrotubulidubletter i ring og 2 indre dubletter. Drivkraften for bevegelsen er ATP som gir forskyvning mellom de forskjellige mikrotubulimolekylene. Hvor ofte flagellen slår kan bestemmes av elektrisk potensial. Flagellatene har 1-2 flageller som utfører en bølgebevegelse som starter fra flagellaten, og som gjør at flagellaten svømmer med flagellen foran. En cilie kan ha forskjellig bevegelsesmønster når den slår fram og tilbake. Mange cilier tett sammen er dekket av vannkapper som overlapper hverandre. Ciliene slår ofte i en synkronisert bevegelse. For spermceller hvor halen roterer mot klokka så vil cellen bevege seg framover mot venstre. Vanligvis har man en jevn blanding av spermatozooer som beveger seg framover til høyre og venstre.
Flageller hos prokaryoter
Flagellen hos bakterier er enklere bygd og består av en heliks med protein festet til plasmamembranen. Bakterieflagellen roterer om lengdeaksen.
Selvflagellering brukt om selvpisking og plage seg selv,