Koenzym M (2-merkaptoetanesulfonat) er et koenzym som deltar i overføring av en metylgruppe i det siste enzymatiske trinnet i metanogene bakterier hvor det blir laget metan (CH4), i samvirke med koenzym B i enzymet metyl-koenzym M-reduktase
S-koenzym M + HS-koenzym B ↔ CH4 + koenzym B-S-S-koenzym M
Koenzym M deltar også i metabolisme av alkener i aerobe bakterier hvor det blir laget acetatoacetat fra etylen eller propylen i reaksjon med CO2.