Metagenomikk

Metagenomikk er studiet av alle nukleinsyrene og gensekvensene man finner fra mikroorganismene (mikrobene) i et økosystem, nisje eller habitat, og bruk av disse som basis for studiet av biodiversitet av virus, bakterier, arkebakterier, sopp, protister, inkludert fytoplankton og zooplankton. Metagenomet er en samlebetegnelse på det totale genomet (DNA metagenom og RNA metagenom) til alle mikroorganismene isolert i en prøve fra et bestemt miljø.  Metagenomikk baserer seg på PCR amplifisering, neste generasjons sekvenseringsteknikker (NGS) og bioinformatikk.

Metagenomikk kan gi oversikt over mikroorganismene som inngår i de globale biogeokjemiske kretsløpene i terrestre, limniske og marine økosystemer. Klinisk metagenomikk blir anvendt innen medisin for å få oversikt over det mikrobielle genetiske innholdet i prøven fra en pasient.  Bruk av operasjonelle taksonomiske enheter (OTU) gjør det mulig å skaffe informasjon om mikroorganismer som ikke lar seg dyrke i kultur. Kulturuavhengige metoder kan for eksempel være ribosomalt RNA (rRNA) fylotyping, basert på16S rRNA, eller 18S rRNA for eukaryoter. Carl Woese kunne på basis av variasjonen i sekvensene til rRNA dele inn livstreet i gruppene bakterier (Bacteria), arkebakterier (Archaea) og eukaryoter (Eucarya).

Ved isolering og rensing av mRNA fra et mikrobiom kan man lage et metatranskriptom.

Metaproteomikk omfatter alle proteinene til et mikrobioelt samfunn (mikrobiota).

Tilbake til hovedside

Publisert 28. mars 2019 12:45 - Sist endret 28. mars 2019 13:05