Det er både lineær og syklisk elektrontransport i tilknytning til fotosystem 1 i kloroplastenes lysreaksjon. Den lineære elektrontransporten gir både kjemisk energi (ATP) og reduksjonskraft (NADPH), mens syklisk elektrontransport gir bare ATP, uten å lage NADPH. Den sykliske elektrontransporten bidrar til balanse i forholdet mellom ATP og NADPH, og gir beskyttelse mot skader forårsaket av overreduksjon i kloroplastene. Den sykliske elektrontransporten skjer via cytokrom b6f-komplekset og ferredoksin. Den sykliske elektrontransporten er avhengig av proteinene proton gradient regulering 5 (PGR5) og PGR5-lignende fotosyntetisk fenotype 1 (PGRL1). Dessuten deltar en kloroplast NADH-dehydrogenase lignende enzym. Fotosyntesen i kloroplaster og respirasjonen i mitokondriene har vært ansett som uavhengige prosesser med egne elektron- og proton-transportsystemer. I fotosyntesen er plastokinon (PQ) et bindeledd mellom fotosystem 2 og fotosystem 1. Imidlertid har man funnet en NAD(PH) plastokinon oksidoreduktase i plantenes kloroplaster og blågrønnbakterier, kalt NADH reduktase-lignende kompleks, og som ligner på kompleks 1 i mitokondriene. NADH reduktase type 1 er et stort enzymkomleks i tilknytning til fotosystem 1. Det finnes også en NADH reduktase type 2. Man antar at NADH-reduktase lignende kompleks deltar i fotobeskyttelse.
Pseudosyklisk elektrontransport, vann-vannsystemet også kalt Mehler-reaksjon, gjør at oksygen (O2) blir redusert til et superoksid anionradikal av oksygen (O2-) ved bruk av elektroner fra fotosystem 1.