Fettsyrer frigitt fra fett av lipaser kan omsettes ved alfa-oksidasjon eller beta-oksidasjon (β-oksidasjon) eller. Alfa-oksidasjon starter med oksidasjon av alfa-karbonet ved siden av syregruppen. Oksygen er nødvendig og det lages fettaldehyd og CO2. Fettaldehyd omdannes til fettsyre ved et NAD+-krevende system. Den vanligste oksidasjonen er imidlertid beta-oksidasjon av fettsyrer.
β-oksidasjon av fettsyrer i glyoksysomene. Hydrogenperoksid blir nedbrutt av katalase. Det kuttes av enheter med acetyl-CoA fra fettsyrekjeden slik at kjeden blir 2 karbonatomer kortere for hver runde. Hvis fettsyrene har odde antall karbonatomer blir det siste substratet som spaltes av propionat-CoA. Umettede fettsyrer er vanligvis i cis-konfigurasjon og når man kommer fram til dobbeltbindingen skjer det endring fra cis til trans katalysert av en isomerase. Plantene kan, i motsetning til dyrene, omdanne fettsyrer til sukker.
Ved α-oksidasjon av fettsyrer er det alfa-karbonet som oksideres i motsetning til β-oksidasjon hvor oksidasjonen skjer ved β-karbonet. α-karbonet frigis som karbondioksid og det blir igjen et fettsyrealdehyd. α-oksidasjon skjer med fettsyrer som har sidekjeder som hindrer vanlig β-oksidasjon. Fytol-halen fra nedbrytning av klorofyll omsettes via α-oksidasjon.
Det finnes også flere alternative nedbrytningsveier for fett