Plastokinon (2,3-dimetyl-1,4-benzokinon) frakter elektroner og protoner i fotosyntesens elektrontransport mellom fotosystem II og fotosystem I, der det finnes som kinonene QA festet til D2-proteinet og QB-festet til D1-proteinet. QA kan bare frakte et elektron ad gangen, mens QB kan i tillegg ta imot to protoner fra stroma i kloroplastene,
Et kinon som mottar ett elektron blir redusert til et semikinonradidal. Mottas ett elektron til og 2 H+ dannes et kinol. Den upolare sidegruppen R er satt sammen av 3 eller 9 isoprenenheter, og fester plastokinon til tylakoidmemranen. Graden av reduksjon av plastokinol, dvs. mengden PQH2 virker som et signal på reduksjonsgraden i fotosyntesens elektrontransport. Elektronene blir ført videre fra plastokinol via cytokrom b6f til plastocyanin. Plastokinol kan også virke som en antioksidant og fjerne elektroner fra reaktive oksygenforbindelser som superoksidanionradikalet.
Fyllokinon (vitamin K1) er et naftokinon som deltar i elektrontransportkjeden i fotosyntesen tilknyttet fotosystem I.
Ubikinon (koenzym Q) frakter elektroner i respirasjonskjeden i mitokondriene.
Menakinon er et naftokinon i respirasjonskjeden hos bakterier. Naftokinoner kan gi farge på kjerneved og bark.
2,6-dimetoksy-p-benzokinon deltar i dannelse av hastorier i parasittplanten Striga asiatica som parasitterer på durra (Sorghum). Det finnes flere enn 200 forskjellige antrakinoner ofte farget gule eller røde og vanligvis bundet til sukker som β-glykosider. Alizarin er et fargestoff fra fargeplanten krapp (Rubia tinctoria), og er et iso-chorismat. Antrakinoner er vanlig i slireknefamilien (Polygonaceae) og tamarindfamilien (Caesalpiniaceae).