Hvis to gener deler og har lik nukleotidsekvens se er sekvensene homologe. Hvis to to homologe gener finnes i samme art er de paraloge og lager paraloge proteiner. Hivs to homologe gener finnes i forskjellige organismer så sies de å være ortologe med samme funksjon i begge organismene.
Ortologer er homologe sekvenserdannet i nye arter, men er fra samme opprinnelige sekvens hos en forfeder. Paraloger skjer ved duplisering av et gen i siste felles forfeder. Hox-gener (honeoboksgener) i dyr danner paraloger i klynger hvor Hox-klyngene (HoxA-HoxD) finnes på forskjellige kromosomer. Globingener som koder for proteindelen i henholdsvis hemoglobin og myoglobin ar paraloger. Det samme gjelder forskjellige hemoglobiner type A, A2, B og F som er paraloger. Paraloger kan ha forskjellige vevsspesifikke uttrykk.