Linolensyre brukes også som utgangsmateriale for å lage plantevekstregulatoren jasmonat. Hydroperoksider av de umettede fettsyrene linolsyre og linolensyre lages i en reaksjon katalysert av lipoksygenase. Lipoksygenaser er ikke-hem jernproteiner som oksiderer fettsyrer som inneholder et sete med cis-cis-1,4-pentadien. Lipoksygenasene forekommer som isoenzymer og har flere funksjoner i planter, sopp og dyr. Hos planter deltar lipoksygenaser i cytosol sammen med hydroperoksid lyaser i produksjon av blant annet i produksjon grønn lukt (cis-3-heksanal) fra nyslått gras ved peroksidering av linolensyre.
Hos dyr deltar arakidonat 5-lipoksygenase og 12-lipoksygenase i biosyntesen av en type prostaglandiner kalt leukotriener. Arakidonat 15-lipoksygenase finnes i røde blodceller (erytrocytter)