Seks anthocyanidiner utgør de vanligste blomsterfargene: pelargonidin, cyanidin, petudinidin, peonidin, delphinidin og malvidin. Varme farger som rød, rosa, og purpur er vensentlig dannet fra pelargonidin, cyanidin og peonidin.
Blomsterbed Bryn kirkegård, Bærum, 2022
Blomsten er reproduktive organer med eksport eller import av pollen. Krysspollinering gir rekombinasjon og variasjon som naturlig seleksjon kan virke på. Pollinatorer (insekter, flaggermus, fugl) letter transporten av pollen. Fargen er en del av blomstersignalet pollinatorene benytter for å kjenne igjen og huske potensielle matkilder, hvor belønningen er nektar eller pollen. Fargen skyldes refleksjon og absorbsjon av lys i bølgelengdeområdet 300 - 700 nanometer, men den fargen vi ser på blomstene er forskjellig fra det insekter observerer. Insektene har reseptorer for UV som vi ikke har. På lang avstand plukker insektene ut blomster ut fra farge som skiller dem ut fra bakgrunnsfargen, men på kortere avstand benyttes mønstre som virker som saftmerker. En hvit blomst betyr at alle fargene i synlig lys blir reflektert i like stor grad, og hvit for oss er ikke det samme som hvit for insektene. Hvit farge kan også skyldes lysrefleksjon fra luftfylte intracellulære strukturer i blomsten. Karotenoider og anthocyaniner reflekterer UV. Nattblomstrende hvite blomster reflekterer UV. Flavonoidene absorberer generelt UV-lys. Chalkoner, mellomprodukter i biosyntesen av flavonoider, er av to typer, de med hydroksylgrupper i 2', 4', 6'-posisjon, hvor 6'-posisjonen er den viktige, og de som mangler denne.
Fargene på blomster skyldes anthocyaniner og andre flavonoider, karotenoider, auroner, chalkoner og betalainer (betacyaniner og betaxanthiner), og disse har til oppgave å lokke til seg pollinerende insekter, fugl, og flaggermus. De samme blomsterfargene finnes igjen i frukten hos blomstene, men i dette tilfellet er funksjonen å få spredd frøene. Dette betyr også koevulsjon av synspigmenter (fotopsiner, rhodopsiner) hos di- tri- og tetra-kromate dyr, og i tillegg luktreseptorer hvis luktstoffer er en del av ”skiltapparatet” til blomsten. Transposoner kan i noen tilfeller gi flekker og sektorer med avvikende fargemønster. Flere gener kan interagere og påvirke en fentotype (epistatis) og alleler kan gi polymorfier. Blomsterfargen hos Petunia og løvemunn (Anthirrinum) er godt undersøkt. Noen av anthocyaninene har fått navn fra planten de er isolert fra: skarlagensrød pelargonidin fra pelargonium (geranium), purpurfarget petunidin fra Petunia og blåfiolett delphinidin fra slekten ridderspore (Delphinium) i soleiefamilien. Blomsterfargen kan endre seg ettersom blomsten eldes, f.eks. hvitveis som får blåfiolett farge.
Mutasjoner i gener i biosynteseveien for anthocyaniner gir forskjellige fargemutanter. For eksempel chalkon syntase (nivea), flavanon-3-hydroksylase (incolorata), dihydroflavanol-4-reduktase (pallida), anthocyanidin syntase (candica) og flavonoid-3-hydroksylase (eosinea). Hos løvemunn er det flere gener som bestemmer mønster, insensitet og fordeling av fargen magenta (cyanidin) på de forskjellige delene av blomsten: MYB-relaterte transkripsjonsfaktorer (ROSEA, VENOSA), basisk heliks-løkke-heliks transkripsjonsfaktor (DELILA), samt MUTABILIS.
Auroner
Auroner er gule pigmenter man finner i blomsten hos løvemunn (Anthirrinum majus) , geoginer (Dahlia sp.) og Cosmos bipinnatus. Auroner (2-benzyliden-benzofuran-3(2H)-one) blir laget fra chalkoner, katalysert av bl.a. enzymet aureusidin syntase. Det kan være forskjellig grad av hydroksylering og eksempler på auroner er aureusidin, sulfuretin og maritimetin. Noen auroner hos brunalger inneholder klor (Cl).
Biosyntese av auron og chalkon