Endoreplikasjon (endoduplikasjon) hvor det skjer duplisering av kjernegenomet uten celledeling, noe som resulterer i polyploidi. Genduplisering hos planter har vært vanlig under evolusjonen, og mange kunstig selekterte og domestiserte landbruksvekster er polyploide. Polyploidi med økt heterozygoti gir økt vekst, men hvis det gir økt homozygoti gir det redusert vekst. Mange kromosomsett og stort kromosomtall gir økte kombinasjonsmuligheter og variasjon.
En plante kan være triploid (3n) for eksempel Cavendish banan (Musa acuminata) som bare kan bli formert vegetativ. Triploid banan kan ikke formeres med krysning og får derved liten genetisk variasjon, noe som er nødvendig i beskyttelse mot sopp- og virussykdommer.
Tetraploid (4n) for eksempel potet, heksaploid (6n) for eksempel brødhvete (Triticum aestivum) eller oktoploid (8n).
Autopolyploidi
Polyploidi kan oppstå ved fordobling av hele kromosomtallet i en organisme, kalt autopolyploidi. Autopolyploidi er dannelse av flere kopier av genomet i en art ved spontan genduplisering, men hvor det ikke skjer celledeling. En autopolyploid kan lages kunstig ved hjelp av spindelgiften colchicin isolsert fra planten tidløs.
Allopolyploidi
Allopolyploidi er en kombinasjon av kromosomer fra to eller flere arter som gir opphav til en ny art. Allopolyploidi er multiple genomer fra to eller flere arter. I allopolyploider kan det skje økt rekombinasjon, aktivering av transposoner, translokasjon med variasjon i bruk av eksoner (alternativ spleising) eller epigenetiske endringer.Vanligvis er interspesifikk hybrider sterile, men via kromosomdobling kan en alloploid bli en ny art som kan reprodusere seg seksuelt. De kodende sekvensene i et kromosom er mer stabile og endrer seg saktere enn de ikke-kodende, og siden man har flere utgaver av et kromosom gir dette betydelig variasjon i de sistnevnte.
Brødhvete (Triticum aestivum) er en alloheksaploid, 2n=6x=42 kromosomer av typen AABBDD. hvor genomene AA og BB kommer fra to diploide arter, Triticum urartu med AA og Aegilops speltoides med BB. Seinere i utviklingshistorien og ved domestisering har det skjedd en krysning og hybridisering med Aegilops tauschii med genomet DD. AA, BB og DD er homologe genomer hver med syv par kromosomer. Det er en rekke kultivarer og hybrider av brødhvete, og det finnes både vårhvete og høsthvete. Sistnevnte overvintrer og er avhengig av vernalisering.
Forside Science 28. juli 2014, vol 345, no. 6194 med de første sekvenseringene av kjernegenomet til brødhvete.
Forside Science 17. august 2018, vol 361, no. 6403 hvor det internasjonale hvetegenomsekvenseringskonsortiet publiserer flere detaljer om sekvensen i hvetegenomet og polyploidi.
Einkornhvete (Triticum monococcum) er eksempel på en diploid hvete (2n=14) som vokser vilt i Irak og Tyrkia. Emmerhvete (Triticum dicoccum) domestisert som Triticum turgidum ssp. dicoccum og durrumhvete/pastahvete Triticum turgidum ssp. durum er eksempler på tetraploide hvetesorter (4x=28 kromosomer) domestisert i midtøsten for mer enn 9000 år siden.. Tetraploid hvete AABB kan ha aneuploidi
Endopolyploidi
Endopolyploidi er polyploidi i de somatiske cellene i planten, for eksempel i blad. Spyttkjertelkromosomene hos bananflue (Drosophila melanogaster) er et annet eksempel på endopolyploidi.
Paleopolyploider er arter med gamle gendupluseringer, men etterfulgt av tap av DNA.
Ortologer og paraloger
Gener som har samme funksjon blir kalt homologe. Homologe gener hos forskjellige arter kalles ortologer, mens flere homologe gener i samme organisme kalles paraloger.
U-triangel
U-triangel (etter koreanske Nagaharu U) er en grafisk presentalsjon hvor man har de diploide artene i hvert sitt hjørne av en trekant, og med allopolyploidene plassert mellom hvert sitt hjørne. For eksempel for kål i korsblomstfamilien (Brassicaceae) hvor de tre hjørnene består av de diploide svartsennep (Brassica nigra, BB, N=8), kål (Brassica oleracea , CC, N=9) og Brassica rapa (AA, N=10). Mellom disse kan man plassere autotetraploidene sareptasennep ( Brassica juncea, AABB, N=10+8), Brassica carinata (BB, N= 9+8) og raps (Brassica napus, AACC, N=10+9), hvor N er haploid kromosomtall.
Polyploidi innen fiskeoppdrett
Naturlig og kunstig polyploidi blir anvendt innen fiskeoppdrett. Karper er tetraploide. Fisk fortsetter å vokse etter seksuell modning og har lav metabolsk rate sammenlignet med endoterme dyr av tilsvarende størrelse. Fisk som vokser raskt modnes raskere seksuelt. Triploide fisk med tre sett kromosomer gir sterile individer og fisk som vokser raskere hvor energi brukt til reproduksjon i stedet blir investert i vekst. Imidlertid har det vist seg at triploid atlanterhavslaks (Salmo salar) som både skulle gi raskere vekst og mindre problemer med rømming og parring med villask har gitt laksen flere helsemessige utfordringer og Mattilsynet har sagt nei til triploid laks.