Fakultativ mutualisme er en interaksjon mellom to arter og som gir fordeler for begge artene, men ingen av dem er avhengig av dette samarbeidet, mens obligat mutualisme er gjensidig livsnødvendig for begge artene.
Forsvarsmutualisme hvor en art forsvarer en annen art mot angrep
Det finnes en rekke eksempler på mutualistisk samarbeid mellom sopp og fototrofe organismer bl.a. mykorrhiza og lav. Noen ascomyceter kan leve intercellulært i algethallus, et samliv kalt mykofykobiose. F. eks. er brunalgene Ascophyllum nodosum og Pelvetia canaliculata ofte infektert med soppen Mycosphaerella ascophylli, hvor en hypotese går ut på at soppen beskytter algen mot uttørking i tidevannssonen. Assosiasjoner mellom alger og sopp er også kjent fra grønnalger (Prasiola, Blidingia) og rødalger (Apophlaea). Hvordan plantene klarer å skille mellom ikkepatogene mutualistiske sopp og patogene sopper er interessant.