Eksempler er på supergener finnes i kjønnskromosomer. Locuset for heterostyli hos Primula. Bates mimikry hos svalestjertsommerfuglen Papilio memnon. Fenotypevarianter og fargemorfer hos fugl. Sosial polymorfi hos den invasive røde ildmauren Solenopsis invicta. Størrelse- og fargepolymorfier hos akvariefiske guppy (Poecilia reticulata).
Genkomplekser laget via genduplisering slik som det humane major histokompatibilitetskomplesket (MHC) i immunsystemet er ikke et supergen.
Innen geologi blir begrepet supergene brukt om geologiske avsetnings- eller anrikningsprosesser som skjer nær overflaten, til forskjell fra hypergene prosesser.
Thompson MJ & Jiggins CD: Supergenes and their role in evolution. Heredity 113 (2014) 1–8, doi:10.1038/hdy.2014.20