Bakteriesystematikk

Bakteriesystematikk - På grunnlag av basesekvensen (sekvensering) i 16S ribosomalt RNA kan domene ekte bakterier (Bacteria) deles inn i 13 forskjellige riker. I tillegg kommer taksonomien for arkebakterier (Archaea). Imidlertid er bakteriesystematikken under stadig revisjon, og her er bare noen få eksempler. 

International Code of Nomenclature of Procaryotes (ICNP) gir vitenskapelige navn og regler for navnsetting (nomenklatur) av bakterietaksa.

Proteobacteria

I: Divisjonen  Proteobacteria  omfatter Gram-negative bakterier med stor variasjon i metabolisme: purpurfototrofe-, purpursvovel-, purpur ikkesvovel-, nitrifiserende bakterier, svoveloksiderende bakterier, jernoksiderende bakterier, hydrogenoksiderende bakterier, metanotrofe baktreier, metylotrofe bakterier, pseudomonader, eddiksyrebakterier., frittlevende nitrogenfikserende bakterier, Neisseria, Chromatium, enteriske, Vibrio, Photobacterium, Rickettsia, spirilla, skjedeformede, prostekate, myxobacteria, svovelreduserende. Aeromonas (orden Aeromonadales) er fakultativt anaerobe stavformete bakterier, hvorav noen er patogener hos fisk e.g. Aeromonas hydrophila, men også hos menneske.   Burkholderia (orden Burkholderiales) er obligat aerobe stavformete og flere arter er patogene e.g. Burkholderia pseudomallei, Burkholderia mallei.

Divisjonen Proteobacteria er delt inn i klassene Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Epsilonproteobacteria, Gammaproteobacteria, Zetaproteobacteria, Acidithiobacillia, Hydrogenophilalia, og Oligoflexia

Alfaproteobacteria

Omfatter slektene: AnaplasmaAgrobacterium, Brucella, Caulobacter, Ehrlichia, Magnetococcus, Neorickettsia, Orientia, Pelagibacter, Rickettsia, Rhizobium, Wolbachia.

Betaproteobacteria

Inndelt i fire ordner med slekter i parentes:1. Burkholderiales (Burkholderia, Bordetella, Cupriavidus, Achromobacter, Oxaloabacter, Alcaliganes,), 2. Neiserriales (Neisseria,), 3. Nitrosomonadales (Nitrosomonas,Nitrosospira, Nitrosolubus, Spirillum, Thiobacillus) og 4. Rhodocyclales.

Gammaproteobacteria

Omfatter slektene: Buchnera, Haemophilus, Escherichia, Pseudomonas, Salmonella, Shewanella, Shigella, Vibrio, Yersinia, Xylella, Chromatium, Xanthomonas.

Deltaproteobacteria

Omfatter slektene: Bdellovibrio, Desulfovibrio, Geobacter, Myxobacteria.

Epsilonproteobacteria

Omfatter slektene: Campylobacter, Helicobacter, Wolinella, Sulfurimonas

Zetaproteobacteria

Jernoksiderende  kjemolitotrofe bakterier i estuarier og marine habitater, blant annet i hydrotermiske ventiler. Omfatter slektene: Ghiorsea, Mariprofundus

Acidithiobacillia

Svoveloksiderende bakterier. Omfatter slektene: Acidothiobacillus, Thermithiobacillus.

Hydrogenophilalia

Termofile hetertrofe eller autotrofe bakterier med hydrogen (H2) som elektrondonor. Omfatter slektene: Hydrogenophilus, Tepidiphilus.

Oligoflexia

Omfatter slektene: Oligoflexus

Gram-positive bakterier

II: Gram-positive bakterier (aktinobakterier, propionsyrebakterier, staphylokokker, Micrococcus, Sarcina, melkesyrebakterier, endosporedannende, mycoplasma, corynebakterier, Mycobacterium.

Cyanobakterier og proklorofytter

III: Cyanobacteria (blågrønnbakterier) + proklorofytter (fototrofe som skiller ut oksygen).

Chlamydiae

IV: Chlamydiae er obligate intracellulære parasitter. Gram-negative og eggformete (ovoide)

Planctomycetes 

V: Planctomycetes mangler peptidoglykan i celleveggen, stilkformede. Planctomycetes omfatter bl.a. aanaerobe ammoniumoksiderende bakterier. 

Bacteriodetes

VI: Flavobakterier (Flavobacteria)+ Bacteroides. Bacteroides i tarm, Flavobacterium i vann, Cytophaga er aerob og bryter ned cellulose i jord.

Chlorobi

VII: Grønne svovelbakterier familie Chlorobiacae er anaerobe, fototrofe, fotolitotrofe, ikkebevegelige, og har klorosomer med bakterieklorofyll og meget effektiv lysabsorbsjon. Oksiderer reduserte svovelforbindelser. Slekter: Chlorobium, Chlorobaculum, Chloroherpeton, Prosthecochloris,

Spirochaetes

VIII: spirocheter er Gram-negative, spiralformede, bevegelige med flagell mellom membraner i en dobbel membran, kjemoheterotrofe. Slekter: Borrelia, Leptospira, Treponema, Brachyspira

Deinococcus-Thermus

IX: Deinococci  er ekstremofile bakterier (termofile, stråletolerante) farget av karotenoider. Slekter: Deinococcus, Thermus

Chloroflexi

X: Grønne ikkesvovelbakterier er termofile, anerobe, fototrofe. Filamentøse grønne ikke-svovelbakterier. Uklar taksonomisk plassering. 

Hypertermofile

XI-XIII: HypertermofileHypertermofile (supervarmeelskere) er bakterier innen Bacteria og arkéer (Archaea) som lever ved yttergrensen for liv ved høy temperatur. 

Aquificae

XI Aquificae med slekten Aquifex. Gram-negative autotrofe ekte bakterier i varme kilder eller undersjøiske vulkaner CO2-fiksering via reduktiv trikarboksylsyresyklus (revers sitronsyresyklus) hvor det dannes acetyl-CoA. Thermocrinis, Thermovibrio

Thermotogae

XII Thermotagae omfatter anaerobe Gram-negative ekte bakterier. Slekter: Thermotoga

XIII ?

Tilbake til hovedside

Publisert 4. feb. 2011 10:09 - Sist endret 30. jan. 2021 10:46