Opplagsnæring i form av stivelse (beta-1,4-glukan). Mangler cellevegg, men kan ha undervegg av celluloseplater (theka, gr. theke - hylster, beholder) under cellemembranen. Cellekjernen er forskjellig fra det en finner hos andre eukaryoter og kalles dinokaryotisk kjerne som vanligvis er haploid. Kjernen er omgitt av en kjernemembran og kromosomene som mangler histoner er stavformet og ses i elektronmikroskop under hele cellesyklus. Mitosen er spesiell. Kjernemembranen er intakt under celledeling. Kromosomene festes til kjernemembranen og mikrotubuli danner spindel inne i kjernen.
Ved nitrogenmangel kan det lages isogameter som danner en diploid planozygote med flagell og tykk vegg (gr. planos - vandrende ). Når zygoten spirer starter den med en meiose. Vegetative celler kan også danne hvilecyster. Det er flere kloroplaster i cellen omgitt av tre membraner. Kloroplasten kan også inneholde en pyrenoid med stort innhold av enzymet rubisko.
Dinoflagellatene har også en samling med vesikler (pusul, l. pusula - blære) ved basis av flagellene.
Dinoflagellater med to flageller kan deles i to hovedtyper.
Flagellene kan være festet enten apikalt (desmokont, gr. desmos - bånd; kontos - stake) eller lateralt (dinokont, gr. dinos - virvle, svinge) med en flagell i en fure som går ekvatorialt og den andre vendt bakover langs en fure (sulkus, l. sulcus - fure). Ekvatorialfuren deler dinoflagellatene i en fremre epicon (gr. epi - på; konos - kjegle) og en hypocon ende hvor også flagellen stikker ut. I cellen kan det finnes en vesikkel (trichocyste, gr. thrix -hår; kystis - blære) som inneholder en nålformet krystallinsk stav som kan sendes ut til forsvar mot andre organismer.
Dinoflagellatene er viktige primærprodusenter i havet. Enkelte arter kan ha masseoppblomstring ("red tides") og noen skiller ut algetoksiner , for eksempel saxitoksin. Brevitoksin og ciguatoksin er toksiner som hemmer proteinkanaler for natrium (Na+) ogkalium ( K+). Giftstoffene brukes primært mot herbivore arter, men disse kan i mange tilfeller akkumulere giften og skape forgiftninger hos mennesker som spiser skjell og fisk. Pfiesteria er en ikkefotosyntetiserende dinoflagellat som dreper fisk med et ekstracellulært toksin. Gonyaulax sender ut lys (bioluminiscens) ved luciferin-luciferase reaksjon.
Bioluminiscensen er av to typer:
- 1) En som viser døgnvariasjon.
- 2) En som kommer etter mekanisk påvirkning av vannet (propell, årer, fiskestim, vassing).
Noen fotosyntetiserende dinoflagellater lever i symbiose (zooxanthellae, gr. zoon - dyr; anthos - blomst), kleptoplastide, med protozooer, flatormer, sjøanemoner, maneter, radiolarier og koraller. Mer om protozooer.