Nukleotiddiversitet

Mål på grad av polymorfi og genetisk variasjon innen en populasjon for en art. Begrepet ble innført av Nei og Li i 1979. Gir et mål på gjennomsnittlig antall forskjeller i nukleotider per posisjon i nukleotidkjeden for to DNAsekvenser. Det gjøres sammenligning av alle mulige tilfeldige kombinasjoner av to DNAsekvenser som finnes i populasjonen dvs. alle haplotypene, og den genetiske diversiteten er koblet til grad av heterozygoti og allelvariasjon innen et lokus. Man må korrigere for frekvensen av haplotypene i populasjonen.

Nukleotiddiversiteten uttrykkes som π (pi), og blir bestemt fra DNA-sekvensdata. Man kan undersøke et gen bestående av f.eks. 500 basepar og se hvor lik sekvensen er hos en rekke haplotyper. Hvis man finner 5 enkeltbasepolymorfier innen genet hos de undersøkte haplotypene så blir andelen polymorfe seter 5/500= 0.01.   Mennesket har lav nukleotiddiversitet, π ca. 0.1%., det vil si liten genetisk forskjell mellom individer og de fleste loki er like, og bare noen få er ulike. Nukloetiddiversitet kan beregnes både ut fra mitokondrie-DNA og kjerne-DNA. Sjimpanser og bonoboaper (Pan paniscus) har høyere nukleotiddiversitet enn mennesker.

Publisert 6. apr. 2017 09:41 - Sist endret 7. mars 2018 12:32