Hos dyr kjenner man til morfer spesielt hos fisk f.eks.trepigget stingsild (Gasterosteus aculeatus somhar tre platemorfer (en form for ytre armering), reproduktive morfer hos sik, atlanterhavslaks (Salmo salar) og røye,. Noen morfer kan være stasjonære og kystnære, noen anadrome, noen er pelagiske, og noen kan være lokalisert til forskjellig salinitet i vannet: saltvann, brakkvann, ferskvann.
Peptidhormonet prolaktin har en rekke funksjoner hos vertebrater, f.eks. i melkeproduksjon hos pattedyrhunner, og sammen med veksthormon deltar det i vekst og angiogenese. Imidlertid deltar prolaktin i regulering av saltopptak og osmoregulering hos fisk. Saltvannsfisk som drikker salt må skille ut klorid via kloridkananaler på gjellene, mens ferskvannsfisk må utskille tynn urin for å hindre tap av salter. Genet for prolaktin har gjennomgått genduplisering, og det er rimelig å anta at morfer av fisk tilpasset forskjellig saltholdighet har polymorfier for prolaktin eller prolaktinreseptorer. Det er også kobling til tyrotropin utskillende hormon, dvs. styring av den generelle metabolismen hvor man også kan forvente temperatureffekter. Morfer er et eksempel på fenotypevariasjon. Atlanterhavssild (Clupea harengus) finnes i vårgytende, sommergytende og høstgytende former, samt former tilpasset forskjellig saltholdighet med en baltisk sildestamme i Østersjøen tilpasset brakkvann. Atlanterhavssild er genetisk like, bortsett fra i noen få loki.
Hos fugl kjenner man til tre forskjellige reproduktive morfer hos brushaner (Philomachus pugnax) i snipefamilien. Brushanner med seksuell dimorfi i størrelse, og hvor hanner med stor variasjon i aggresjon og revirhevdelse, samt utseende på fjærdrakten, konkurrerer om territorier og hunner på en leik. Satelitthanner forsvarer ikke et territorium, og er mindre aggresive. Genene som påvirker atferdsmorfene er tilknyttet metabolismen av testosteron. Noen av hannene av brushane, kalt faeder, har likt utseende som hunnene og gjør heller ikke krav til territorium, men kan snike seg til en parring med en hunn. Darwins finker på Galapagos-øyene med nebbmorfer som etter hvert utvikles til separate arter.
Fenotypevariasjon og reproduktiv variasjon
Arter som står nær hverandre kan ha svært forskjellig kromosomtall, form og størrelse. Den økologiske genetikken tar for seg betydningen av arv og miljø på variasjonen av individene i populasjonen. Dansken Wilhelm Johannsen gjorde den fundamentalt viktige oppdagelsen i 1909 i skille mellom genotype og fenotype. Genotypen er genene individet har mottatt fra foreldrene og overfører videre til avkommet. Fenotypen er utseende, morfologi, anatomi, fysiologi, atferd og biokjemi. Molekylære markører er små området av genomet som representerer hele genomet og kan brukes til å beskrive individet og arten. Innen molekylær økologi brukes molekylærbiologiske teknikker til å undersøke økologiske problemstillinger.
Innen kjemisk økologi studeres kjemiske stoffer i kommunikasjon, alarmstoffer, forsvarsstoffer, hormoner, orientering, partnergjenfinning og metabolittmarkører. Nye sekundærmetabolitter kan gjøre plantene mindre attraktive for herbivore insekter og pattedyr, og dette blir favorisert ved naturlig seleksjon. Planter med giftige disse innholdsstoffene kan ha adaptiv radiasjon inn i nye habitater. Insekter selekteres på egenskaper som omgår plantenes forsvarsapparat f.eks. frøbiller som angriper frø fra planter i erteblomstfamilien og som skiller mellom ikke-protein aminosyren canavanin og og proteinaminosyren arginin. Lokale variasjoner i blomsterfarger kan være tilpasset de stedegne pollinatorene.