Hos prokaryoter kan man anvende sekvenser som er en del av ribosomalt RNA , 16S-rRNA hos eukaryoter 18S-rRNA, Hos primatene (halvaper, aper, mennesker) er det i tillegg mulig å anvende Alu-sekvenser (Alu-elementer). Alu-elementer har fått navn etter restriksjonsenzymet Alu1 isolert fra bakterien Arthrobacter luteus. Alu-elementer består av repeterte sekvenser med lengde cirka 300 basepar, og stort kopiantell (opptil 1 million kopier), retrotranspsoner som ligger spredt i hele genomet, også kalt SINE (korte spredte internukleære elementer). Alu-sekvenser er konserverte gjennom evolusjonen, koder ikke for proteiner, og har sin opprinnelse fra 7SL-RNA i signalgjenkjennelseskomplekset (SRP) og RNA-polymerase III. Mutasjoner i Alu-elementer i introner gir ingen synlig effekt på fenotypen, Imidlertid kan Alu-elementer påvirke genekspresjon, og de er ofte metylerte (epigenetikk). Retrotransposoner og transposoner utgjør store deler av genomet og har spilt en viktig funksjon under evolusjonen.
Tidligere anvendte man restriksjonsfragmentlengdepolymorfi og gelektroforese hvor man skiller DNA-fragmenter etter størrelse. Idag benyttes polymerasekjederaksjon (PCR) og varianter av korte tandemrepeterte sekvenser i genomet. Ved å bruke varianter i antall repeterte sekvenser som man finner på et stort antall av de forskjellige kromosomene i et individ så øker sannsynligheten for rett identifisering. I USA bruker FBI et kombinert DNA-indekssystem (CODIS). Ved å lagre DNA-profilen til mange individer kan man lage et DNA-register, med de etiske problemstillingene det medfører.