Strekkoding

DNA-typing. Strekkoding (barkoding) er en molekylærbiologisk teknikk som gir  strekkoder ("sebrastripekoder"). Strekkoder er  sekvenser  laget via sekvenseringsteknikker, og  brukt til identifisering av individer, arter eller biologisk materiale, samt innen studier av taksonomi og evolusjon. Avhengig av bruksområde for strekkodene velger man ut mer eller mindre individ- eller artsrelaterte konserverte og/eller hypervariable områder av genomet. Et individ kan bli identifisert ut fra strekkoden som virker som et "DNA-fingeravtrykk" og genetisk profil,  brukt i slektsskaps- eller farskapsanalyse, i oppklaring av kriminelle handlinger eller identifisering av individer etter katastrofale ulykker.  Genetiske varianter kan sammenlignes med statistiske metoder som angir sannsynligheten for at man har riktig individ eller art.

Hos prokaryoter kan man anvende sekvenser som er en del av ribosomalt RNA , 16S-rRNA hos eukaryoter 18S-rRNA, Hos primatene (halvaper, aper, mennesker) er det i tillegg mulig å anvende Alu-sekvenser (Alu-elementer). Alu-elementer har fått navn etter restriksjonsenzymet Alu1 isolert fra bakterien Arthrobacter luteus. Alu-elementer består av repeterte sekvenser med lengde cirka 300 basepar, og stort kopiantell (opptil 1 million kopier), retrotranspsoner som ligger spredt i hele genomet, også kalt SINE (korte spredte internukleære elementer).  Alu-sekvenser er konserverte gjennom evolusjonen, koder ikke for proteiner, og har sin opprinnelse fra 7SL-RNA i signalgjenkjennelseskomplekset (SRP) og RNA-polymerase III. Mutasjoner i Alu-elementer i introner gir ingen synlig effekt på fenotypen, Imidlertid kan Alu-elementer påvirke genekspresjon, og de er ofte metylerte (epigenetikk). Retrotransposoner og transposoner utgjør store deler av genomet og har spilt en viktig funksjon under evolusjonen.

Tidligere anvendte man restriksjonsfragmentlengdepolymorfi og gelektroforese hvor man skiller DNA-fragmenter etter størrelse. Idag benyttes polymerasekjederaksjon (PCR) og varianter av  korte tandemrepeterte sekvenser i genomet. Ved å bruke varianter i antall repeterte sekvenser som man finner på et stort antall av  de forskjellige kromosomene i et individ så øker sannsynligheten for rett identifisering.   I USA bruker FBI et kombinert DNA-indekssystem (CODIS). Ved å lagre DNA-profilen til mange individer kan man lage et DNA-register, med de etiske problemstillingene det medfører.

Tilbake til hovedside

Publisert 14. nov. 2018 10:57 - Sist endret 14. nov. 2018 11:50