I slekten flatbelg (Lathyrus) er det ikke-proteinaminosyrer som gir lathyrisme, (neurolathyrimse og osteolathyrisme). 3-N-oksalyl-2,3-diaminopropionsyre, 3-aminopropionitril og beta-cyanoalanin finnes i Lathyrus-arter og gir nerveskader.
Beta-cyanoalanin er også et mellomprodukt i omsetningen av plantehormonet etylen. Canavanin fra Jackbønner (Canavalia ensiformis) og Dioclea er en analog til proteinaminosyren arginin.
Azetindin-2-karboksylsyre er en analog tilproteinaminosyren prolin. Frø fra arter i erteblomstfamilien inneholder mange ikke-protein aminosyrer.
Hypoglycin i Blighia sapida. Mimosin i Mimosa og Leucaena.
5-hydroksytryptofan fra Griffonia er en analog til nevrotransmittoren serotonin.
3,4-dihydrofenylalanin ligner på nevrotransmittoren dopamin.
Selen her kjemiske likhetstrekk med grunnstoffet svovel og erstatter svovel i svovelaminosyrene og danner selenometionin og selenocystein. Planter som vokser på jord med mye selen blir giftige for dyr som beiter på plantene. Mennesker meget små mengder selen som inngår i enzymet glutation peroksidase. Hvis man ikke får nok via maten finnes piller som inneholder selenaminosyrer isolert fra erteplanter vokst på et substrat hvor svovel er erstattet med selen.
Ikke-proteinaminosyren lanthionin (l. lana – ull; thio – svovel) ble først oppdaget da man behandlet saueull med natriumkarbonat. Er. Lanthionin (lantionin) er satt sammen av aminosyrene cystein og serin og blitt funnet i hår, fjær og i bakteriociner.
Agrobacterium tumefasciens som lager krongalle eller hårete røtterlager spesielle aminosyrer, kalt opiner. Det finnes flere enn 30 forskjellige opiner laget i kobling mellom en aminosyre, ketosyre eller sukker. Opinene er delt inn i familier: Nopalinfamilien hvor en aminosyre kobles til 2-oksoglutarat (alfa-ketoglutarat) (nopalin, glutaminopin, succinamopine).
Oktopinfamilien hvor en aminosyre bindes til pyruvat (oktopin, lysopin, histopin). Mannitylfamilien hvor sukkert mannose kobles til en aminosyre (mannopin, agropin). Opiner er også funnet i muskler hos blekksprut og andre marine invertebrater (alanopin, strombin, tauropin). Nopalin og acetopin dannes i metabolismen i aminosyren arginin i planter.
Saccharopin er et mellomprodukt i nedbrytning av aminosyren lysin.
Alliin er en ikke-proteinaminosyre som inneholder svovel og finnes i hvitløk.