Taksonomi

Taksonomi (gr. taxis - orden; nomos - lov) - Taxonomi. Vitenskap som omhandler klassifisering av organismer ut fra deres likheter og forskjeller, ordnet i et evolusjonært system (fylogeni). Ofte brukt synonymt med systematikk. Omfatter artsidentifisering, navnsetting, nomenklatur, beskrivelse, og systematisk klassifisering. Innen numerisk taksonomi brukes matematiske og statistiske metoder for å kunne gi en objektiv og presis klassifisering.

Numerisk- ;  fylogenetisk; evolusjonær- ; fenetisk-, og Linneisk-  taksonomi. Incerta sedis betyr ukjent taksonomisk plassering. Taksonomi anvendes for alle levende organismer på Jorden: bakterier, sopp, alger, planter og dyr, men også for virus selv om sistnevnte ikke betraktes som levende, men er parasitter på levende celler. Taksonomi er basert på anatomi, morfologi, genetikk (DNA-strekkoding, sekvenser), biokjemi og atferd, og kombinasjon av disse som gir avgrensning og skille mellom arter og enheter. Taksonomi gir oversikt over arter og biologisk mangfold (biodiversitet), som danner fundamentet i økosystemene. Imidlertid er begrepet biologisk art og artskomplekser ikke entydig.

Organismene har en plass i et hierarkisk taksonomisk system, hvor organismene har navn i et binært navnesystem (binomial nomenklatur). Nomenklaturen varierer innen de forskjellige organismegruppene, men her er et eksempel fra planteriket. Over Rike er det et større Domene for eksempel Eucarya.

Trinomen (fl.t. trinomina)  i I zoologisk nomenklatur  er et tredje navn som følger etter slekts- og artsnavnet og angir underart.

Planteriket (Regnum plantae syn. vegetabile)

Underrike (Subregnum, - bionta)

Divisjon (Divisio, - phyta) eller fylum (Phylum, fl.t. Phyla

Underdivisjon (Subdivisio, -icae)

Klasse (Classis, -atae)

Underklasse (Subclassis, -idae)

Orden (Ordo, - ales)

Underorden (Subordo, -ineae)

Familie (Familia, -aceae)

Underfamilie (Subfamilia, -oideae)

Rekke (Tribus, -eae)

Underrekke (Subtribus, -inae)

Videre nivåer nedover er Slekt (Genus); Underslekt (Subgenus); Seksjon (Sectio); Underskesjon (Subsectio); Serie (Series); Underserie (Subseries); Art (Species); Underart (Subspecies); Varietet (Varietas); Undervarietet (Subvarietas); Form (Form); Underform (Subforma). For kultiverte og domestiserte arter og hybrider brukes navnet kultivar i stedet for varietet.  Biotype brukes som betegnelse på både eukaryoter og prokaryoter som skiller seg fra den vanlige arten eller formen.

Bakterietaksonomi

Bakteriesystematikk

Varianter av prokaryoter

Hos varianter eller biotyper av prokaryoter , ofte bakterier, brukes betegnelsene biovar, morfovar, serovar og patovar. En biovar (bv.) hos mikroorganismer skiller seg fra andre varianter av bakteriestammen i biokjemi eller gensekvens. En morfovar eller morfetype har en spesiell morfologi og utseende. En serovar eller serotype er en mikroorganisme med spesielle antigener og antigenegenskaper, og som gir en egen immunrespons. En patovar (pathovar) eller patotype er en patogen (sykdomsfremkallende) type eller variant av en bakteriestamme (strain) som fremkaller sykdom hos, planter,  dyr eller mennesker, og skiller seg således fra holotype eller neotype.

Virustaksonomi

The International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) har ansvar for et taksonomisk klassifikasjonssystem for virus. Siden virus ikke er definert som liv bruker man en noe annen taksonomi, taksonomisk hierarki og nomenklatur enn for levende organismer. En celle er den minste strukturelle enheten for det som kan defineres som liv, og en viruspartikkel (virion) faller utenfor denne definisjonen.  Mye av moderne klassifisering av virus er basert på gensekvenser (nukleotidsekvenser), hvor kjente nukleotidsekvenser er lagret i GenBank. Noen av gensekvensene er fremkommet via metagenomikk

Virusslekter etterfølges av endelsen (suffiks) -virus. En virusslekt må være identifisert ved en typesekvens, tilsvarende holotype (typeart) for organismer. For hver virusart er det flere varianter.

Virus kan fordeles på virusfamilier klassifisert som -viridae. Noen komplekse virusfamilier kan det være behov for å dele opp i undervirusfamilier med suffiks -virinae

En virusorden er en samling av virusfamilier som deler en del felles egenskaper, klassifisert med suffiks -virales

Baltimoreklassifisering av virus

Baltimoreklassifisering (oppkalt etter nobelprisvinneren David Baltimore, delt nobelpris i fysiologi eller medisin 1975 for "interaksjon mellom tumorvirus og det genetiske materialet i cellen") er et klassifikasjonssystem for virus i syv grupper (I-VII) inndelt etter en samling kriterier basert på : 1. Nukleinsyre (DNA eller RNA). 2. Nukleinsyretrådtype (dobbelttrådet (ds, double stranded) eller enkelttrådet (ss- single stranded),  pluss sens (+) eller antisens eller minus sens (-)). 3. Replikasjonsmetode og type virus-mRNA. 4. Med eller uten membrankappe.

I (1):Dobbelttrådet DNA-virus (dsDNA) (Adenovirus (Adenoviridae), Herpesvirus (Herpesviridae), Vannkoppevirus (Poxviridae)).
II (2):Enkelttrådet DNA-virus (ssDNA)  sens +tråd DNA (Parvovirus (Parvoviridae).
III (3):Dobbelttrådet RNA-virus (dsRNA) (Reo- & Rotavirus (Reoviridae)).
IV (4):Enkelttrådet RNA-virus sens +tråd ((+)ssRNA)(Noro- & Norwalkvirus (Calciviridae), Koronavirus (Coronaviridae),  Poliovirus (Picornaviridae), Rødhundervirus (Togaviridae),
     Deng-, Zika-, Gulfeber- & Hepatitt C-virus (Flaviviridae), Astrovirus (Astroviridae).
V (5):Enkelttrådet RNA-virus antisens snes minus (-) tråd (sens(−)ssRNA)  (Influensavirus (Orthomyxoviridae), Rabiesvirus (Rhabdoviridae), Ebola- & Margburgvisus (Filoviridae),
     Hantavirus (Bunyaviridae), Mesling-, Kusma- & RS- Respiratorisksyncytialvirus (Paramyxoviridae).
VI (6):Enkelttrådet RNA-retrovirus sens +tråd (ssRNA-RT) oppformert RNA via et DNA-intermediat, (HIV-virus (Retroviridae).
VII (7):Dobbelttrådet DNA revers transkriptasevirus (dsDNA-RT) oppformert med et RNA-intermediat (Hepatitt B-virus (Hepadnaviridae).

Tilbake til hovedside

Publisert 4. feb. 2011 10:54 - Sist endret 30. jan. 2021 12:21